克隆氏病为并发于肛门周围脓肿、肛瘘、肛裂、肛门溃疡和皮赘等肛门周围的疾患，而以并发肛裂的机率最多，近达50%。
肛裂新鲜者可见裂口整齐，深浅不一，多为一个或二个裂口，出鲜血甚或点滴而出。慢性者多呈溃疡面，有少量分泌物，裂口灰白色，有增生组织，质韧。而此期肛裂，可见肛裂三联症，乳头肥大，肛裂，哨兵痔。
克隆氏病在肛门缘的表现为，裂口较深，边缘潜行，有时两个裂口的潜行边缘相互沟通，上面的皮肤形成皮桥，裂口周围青紫色。肛裂可发生在肛周的任何部位，其裂口疼痛较轻，可伴有皮赘、溃疡或瘘管。病程较长，慢性难治。