潜伏期10～60天，平均40天。临床表现与甲肝类似，不发展成慢性。儿童多为亚临床型感染。常见临床类型有：
1.急性黄疸型 占显性感染的86.5%。临床三期经历同甲肝，前驱期症状可持续到黄疸出现后第4～5天。淤胆较为常见。总病程为4～6周。
2.急性无黄疸型 表现与甲肝类似。
3.淤胆型 较为常见，病程可长达2个月以上。
4.重型 约占5%。高危因素包括：①妊娠妇女;②年老体弱者;③合并HBV感染。多为急性重型。
5.与其他病毒混合感染
(1)HEV与HAV同时或先后感染者：并不加重病情。
(2)HEV与HBV重叠感染者：患者HBV常有活动性复制，HEV不易被清除。病情易迁延或反复发作。病情重，发生重型者多，印度报告80.7%的急性重型和75.5%的亚急性重型为HBsAg携带者重叠HEV感染引起。
按照流行病学资料、临床特征和常规肝脏功能试验结果作为临床诊断参考，结合特异的血清病原学检测才是确诊的依旧。同时排除HAV、HBV、HCV、HGV、TTV、CMV和EBV等。当有两种或以上病毒病原存在，则考虑为重叠或合并感染。