经过前两个阶段，重症患者出现神志改变，如嗜睡、谵妄等症状。并可出现不同程度的出血表现，包括鼻、口腔、结膜、胃肠道、阴道、皮肤出血或咯血、血尿等，还可出现低血压、休克等。“太阴之上，湿气治之，中见阳明”，此前太阴之邪累及阳明而致神昏、谵语，阳明化燥终累少阴气化，少阴之藏水火寄于其中，命脉所系而主血脉，故可见休克及各类出血之症。
此阶段治疗，凡见神昏、谵语者用调胃承气汤助阳明内阖，各类出血症者用黄连阿胶汤枢少阴气化。
本病危重者见心肌炎、肺炎和其他多脏器受损。少阴气化出于心肾，故必累及心肾脏器，该病晚期多引起睾丸相关病变，患者或死于心梗，皆为此力证。心为五脏六腑之大主，少阴气化溃败必致多脏腑病变，此阶段为凶险，属于危候。
本阶段治疗仍应当以黄连阿胶汤为主方，畅通少阴之气化，滋养营阴以顾护性命。邪气于阳明化燥热，迫灼肺华而患肺炎者用白虎加参汤随证加减。
埃博拉出血热分期辨证治疗
埃博拉出血热是由埃博拉病毒引起的一种急性出血性传染病，死亡率高。在中医学中也有不少类似病毒性出血热的记载，清代温病学家余师愚的《疫诊一得》所述病症如“头痛如劈”，“遍体发炎”，“骨节烦痛、腰如被杖”，“大便不已、小便短缩如油”等，与本病之临床表现极为相似。近年来国内学者对出血热的中医命名论述甚多，如伏气瘟疫、少阴伏气温病、温毒发斑、温毒疫斑、疫毒热斑等，显然这些命名，多从温病角度选取，出血热大抵属于中医外感热病中“瘟疫”、“疫疹”、“疫斑”等范畴。
埃博拉有明显传染性，呈流行性发病特征，与祖国医学中瘟疫致病是一致的。中医学认为，本病主要是由于人体正气不足，外感温热疫毒之邪，由皮毛侵入机体，化火内陷营血所致。其病因主要为“疫毒”，病因属性主要为“热毒”。但至休克期，则多为热邪内闭，气阴欲脱或兼阳气欲脱;恢复期则属于正虚而邪未尽的病证。
目前对埃博拉出血热尚缺乏特效治疗方法，主要是对症和支持治疗，应早发现、早隔离、早治疗。并根据文献记载，本病的临床表现与登革出血热、肾综合征出血热有相似之处，提出以下中医辨治设想。
一、急性期
卫气同病
主症：发热恶寒，头痛，身骨疼痛，咽红咽痛，面红目赤，恶心呕吐，腹痛腹泻，舌红，苔薄白腻，脉浮数。
治则：清热解毒、表里双解。
方药：银翘散加减：石膏、大青叶、连翘、金银花、薄荷、栀子、竹叶、生丹皮、芦根、甘草等。
气分热盛
主症：壮热烦渴，汗出气粗，烦躁口渴，面红如醉，舌红苔黄，脉洪大或滑数。
治则：清热解毒。
方药：白虎汤加减：石膏、知母、大青叶、金银花、连翘、玄参、板蓝根、竹叶、甘草等。
