农业防治
结合苗圃和果园的栽培管理，掌握在菟丝子种子萌发期前进行中耕除草，将种子深埋在3cm以下的土壤中，使其难以萌芽出土。
人工防治
春末夏初，常检查苗圃和果园，一旦发现菟丝子幼苗，应及时拔除烧毁。每年5月和10月份，常巡视果园，或结合修剪，剪除有菟丝子寄生的枝条，或将藤茎拔除干净。
药剂防治
种子萌发高峰期地面喷1.5%五氯酚钠和2%扑草净液，以后每隔25天喷1次药，共喷3～4次，以杀死菟丝子幼苗。
对有菟丝子发生较普遍的果园和高大的果株，一般于5～10月，酌情喷药1～2次。有效的药剂有：10﹪草甘磷水剂400～600倍液加0.3﹪～0.5﹪硫酸铵，或48﹪地乐胺乳油600～800倍液加0.3﹪～0.5﹪硫酸铵。
注意事项
严禁将菟丝子的藤茎抛撒到果树上。果树新梢嫩叶期、开花结果期不能喷药，以免产生药害。
关于菟丝子的防除，便捷的方法为利用除草剂抑制菟丝子的生长或种子的发芽。可以防除菟丝子的化学药剂有：2，4-D(2，4-二氯苯氧乙酸)、dazomet(棉隆)、DCPA(敌草索)、dichlorbenil(二氯苯腈)、diphenamid(草乃敌)、diquat(敌草快)、DNOC(二硝基邻甲酚)、fluometuron(伏草隆)、PCP(五氯酚)、trifluralin(氟乐灵)等。另外，亦可在耕作前提早翻耕并灌水，以促使菟丝子在发芽后找不到寄主而死亡。调整作物之耕作时期，再配合施用除草剂，可达良好的防除效果。
七、菟丝子化学成分
菟丝子含生物碱、蒽醌、香豆素、黄酮、甙类、甾醇、鞣酸、糖类等。黄酮类有：槲皮素(Quercetin)、紫云英甙、金丝桃甙(Hyperin);甾醇类有：胆甾醇(Cholesterol)、菜油甾醇(Cam-pesterol)、β-谷甾醇(β-Sitosterol)、豆甾醇(Stig- masterol)、β-香树脂醇(β-Amyrenol)。 亦含微量元素如锶、钼、钙、镁、铁、锰、锌、铜等以及多种氨基酸(种子中的游离氨基酸和水解后的总氨基酸为5.3%，其中必需氨基酸的含量占42.8%)。
大菟丝子含糖甙， 维生素 A 类物质，其含量按维生素A计算为 0.0378%。
大豆菟丝子含β-胡萝卜素(β-Carotene)、γ-胡萝卜素(γ-Carotene)、5，6-环氧-α-胡萝卜素(α-Carotene-5，6-epoxide)、蒲公英黄质(Taraxanthin)和叶黄素(Lutein)。
日本产菟丝子中含有树脂样配糖体。
