沙眼衣原体从抗原性上可分为A、B、C、Ba、D、E、F、G、H、I、J、K等12型。流行地区的沙眼是由A、B、C及Ba型所致，其他各型则引起生殖泌尿系感染及包涵体性结膜炎。有的作者称前组各型为流行性沙眼衣原体组，后组各型为眼、生殖泌尿衣原体组。
沙眼衣原体在其生活周期中有2个生物相，即原体和始体。原体elementary body是感染相，大小约0.3μm，具有细胞壁，可存活于细胞外。始体initial body亦称网状体reticulate body是繁殖相，体积较大，约0.8μm，无传染性。原体侵入宿主细胞后，在胞浆内发育转变为始体，以二分裂方式，形成子代原体。胞浆内充满后则破裂释放出原体，游离的原体再侵入正常的上皮细胞，开始新的周期。每一周期约为48h。
发病机制
沙眼衣原体易侵犯柱状上皮细胞如尿道、子宫颈内膜、子宫内膜、输卵管皱襞上皮、眼、鼻咽及直肠黏膜并引起病变，不侵犯阴道扁平上皮，故感染后仅寄生于阴道但不引起阴道炎。
一般来说，急性的感染时机，机体的反应是较为轻微且没有症状的，而且临床上没有急性期。除了衣原体本身可以导致病变之外，机体的免疫反应也参与了发病，衣原体膜上的LPS可诱发机体免疫反应，其代谢产物亦可引起机体的变态反应，但由于病原体寄生于细胞内可逃避免疫防卫作用。
病原体在细胞内持续感染及繁殖，并不断感染新的细胞，造成人体内反复持续感染。急性感染时局部主要是中性多核细胞反应，慢性或再感染则引起单核细胞反应。长期反复的炎症病变，加之机体的免疫反应，可导致瘢痕形成。
预防沙眼好的方法是讲究卫生，不用公共毛巾，用流水洗脸。旅店、浴池、理发馆和托儿所、幼儿园工作的人员应特别注意做好个人卫生，将洗脸用具消毒后再使用，以防止传染沙眼。
