前者指针对存在于不同组织的共同抗原的抗体，如抗磷脂抗体(APA)、抗核抗体(ANA)、抗DNA抗体等;
后者指只针对某个特异性器官组织自身抗原的抗体如抗精子抗体(ASAb)、抗卵巢抗体(AOVAb)、抗子宫内膜抗体(AEMAb)和抗绒毛膜促性腺激素抗体(AhCGAb)等。
目前对非器官特异性自身抗体针对的抗原性质比较了解，检测APA和ANA的技术也较为成熟和标准，临床资料丰富。
而器官特异性自身抗体针对的抗原成分复杂，检测的标准化程度低，它们与不孕的关系亦因检测数据分析、统计困难而不易明确，从而影响对自身抗体阳性的不孕患者的处理。
(4)不明原因的不孕
一对不孕夫妇所检查的各项指标都正常，而不孕原因又无法解释的时候，即诊断为不明原因的不孕症。
推测不明原因不孕症的病因可能有以下几方面
①不良的宫颈分泌物影响;
②子宫内膜对早期胚胎的接受性较差;
③输卵管的蠕动功能不良;
④输卵管伞端拾卵功能缺陷;
⑤黄素化不破裂综合征;
⑥轻微的激素分泌欠佳，如黄体功能不足;
⑦精子和卵子受精能力受损;
⑧轻度子宫内膜异位症;
⑨免疫因素，如抗精子抗体、抗透明带抗体或抗卵巢抗体;⑩腹膜巨噬细胞功能异常;腹腔液中抗氧化功能受损。
