三、两肾有异，开命门学说之端
《三十六难》提出了“两肾者，非皆肾也，其左者为肾，右者为命门”。命门为生命之门户，是“诸神精之所舍，原气之所系也”，具有“男子以藏精，女子以系胞”的重要生理功能，《三十九难》指出“其气与肾通”。《难经》强调了命门在人体生理上的重要性，开创了命门学说之先河，给后世医家以很大影响，如薛立斋、孙一奎、张景岳、赵养葵等辈都重视命门，在实践中进一步发挥了《难经》的有关理论。命门学说为《难经》所首创，后世有关命门部位和其实质的研究探讨更活跃了学术空气，温补命门法至今仍被广泛应用于临床。
四、伤寒有五，承《热轮》而启仲景
《素问·热论》认为：“今夫热病者，皆伤寒之类也”，把“伤寒”作为外感发热性疾病的总称。《五十八难》说：“伤寒有五，有中风，有伤寒，有湿温，有热病，有温病，其所苦各不同”。《难经》此论，把“伤寒”分为广义、狭义两种不同概念，指出广义之伤寒有五种，其病因不同。并以脉象为例，略示了五种伤寒的鉴别要点。本难还提出外感寒热证有病在皮毛、病在肌肉、病在骨的不同发展阶段。
《难经》在《素问·热论》的影响下，奠定了用汗、下法治疗外感热病的病理基础，指出了“阳虚阴盛，汗出而愈，下之即死;阳盛阴虚，汗出而死，下之而愈”。王履认为，《难经》此论，为“伤寒汗下枢机”。张仲景在《内经》、《难经》的影响和启迪下，经过反复的临床实践，完成了我国第一部临床医学巨著——《伤寒杂病论》。《伤寒论》以六经论伤寒，创立了理、法、方、药比较系统的辨证施治的方法，至今仍被广泛应用，有着较高的疗效。
五、广其治则，垂法后世于无穷
《难经》在治则治法方面有许多新的建树，给后世以很大启发。如《七十七难》“所谓治未病者，见肝之病，则知肝当传之于脾，故先实其脾气，无令得受肝之邪”的肝病实脾之论，《金匮要略》作了进一步的阐发，后世医家在这一思想的启发下，根据疾病传变规律，先安受邪之地，在治疗中采用了许多预防性措施，从而发展了《内经》“上工治未病”的理论，丰富了治未病的方法。
《十四难》“治损之法”，提出“损其肺益其气;损其心者调其营卫;损其脾者调其饮食，适其寒温;损其肝者缓其中;损其肾者益其精”，发挥了《内经》“虚则补之”之旨，丰富了治疗虚损病症的方法，对临床具有较高的实用价值，指导着中医对五脏虚损的治疗。又如“泻南方，补北方”的治则，并不单单施用于针灸，推而广之，各科皆可应用。仲景黄连阿胶鸡子黄汤以及《证治准绳》“泻南方刚肺金清而东方不实，何脾伤之有?补北方则心火降而西方不虚，何肺热之有?”即是在这一治则的指导下进一步的发展。
六、敢于创新，丰富了针灸疗法
《内经》虽对五脏五俞、六腑六俞做了叙述，但对五俞穴主治病症未做明确交待。在《六十八难》中总结出：“井主心下满，荥主身热，俞主体重节痛，经主喘咳寒热，合主逆气而泄”从而分主五脏疾病，尽管尚属简略而不全面，但不失为辨证取穴法之一，为后人进一步钻研五俞穴奠定了良好的基础。
至于刺法，《内经》中有关针刺手法已较繁多，如以经气之顺逆往来、呼吸出入，而用针锋之向背等作为迎随补泻;但《难经》并不囿于前人的经验，敢于质疑，提出创见。以本经前后穴位(如手厥阴心包之俞大陵，俞属土，泻俞即泻子;手厥阴井中冲，井属木，心之母也，针井即补母)作为迎随补泻，两者义虽相近，而方法各殊，使针灸手法得到了充实和发展。特别是提出了“知为针者信其左，不知为针者信其右”的见解，对针灸学的发展有着深远的影响，对临床确有重要的指导意义。
盖一般针灸工作者偏重于刺手(右手)的作用，往往轻视甚至忽视押手(左手)的价值。殊不知左手有爪切、循按、弹弩、候气、补泻等功能，对于加快进针，减轻疼痛，促进得气，提高疗效等方面，有不可思议之议之妙。如无丰富的临床实践，很难有这样的体验。
《难经》的校勘和注释
《难经》成书既早，年久日深而辗转相传，其间脱简、衍文、错讹之处在所难免，又兼文辞古奥，义理深邃，读者探微索隐，自是不无障碍。这就需要进行校勘和注释。历代校勘、注释《难经》者不乏其人，早注释者为三国之吕广，唐杨玄操有补注本。其后，宋有丁德用、虞庶、杨康候、周仲立、庞安时、李子野，金元有纪天锡、张元素、袁淳甫，谢缙孙、滑伯仁，明有熊宗立、张世贤、虞天民、马莳，清有徐大椿、丁锦、黄坤载、叶霖、周学海等，日本人如名古屋玄医、丹波元胤氏等也曾注释《难经》。近人张山雷、孙鼎宜、蔡陆仙、陈璧琉等也进行过这方面的工作。据不完全统计达数十家之多，其中有些注本已经失传。
学习《难经》选择较好的注本非常重要，可谓学者之舟楫。
《难经集注》，是明代王九思选撰，集吕广、杨玄操、丁德用、虞庶、杨康候等人的注释而成。原书自明以来即已散佚，流传日本，后由林天瀑依原版用活字排印，收入侨佚存丛书，而各家注释赖此得存。是现存较早的注本，集各家之论，互相补充，有助于对原文的理解，是学习《难经》 较好的参考书。
