鉴别诊断散在发生时，须与疱疹性咽颊炎、风疹等鉴别。
1.单纯疱疹性口炎
四季均可发病，由单纯疱疹病毒引起，以散发病例为主。口腔黏膜出现疱疹及溃疡。但没有手、足部疱疹疹。
2.疱疹性咽颊炎
主要由柯萨奇病毒引起，患儿发热、咽痛，口腔黏膜出现散在灰白色疱疹，周围有红，疱疹破溃形成溃疡。病变在口腔后部;如扁桃体前部、软腭、悬雍垂，很少累及颊黏膜、舌、龈。不典型的患儿须做病原学及血清检查。
多种疾病易被当成手足口病
冬春季节正是过敏性荨麻疹的高发季节，患了过敏性荨麻疹的孩子手脚也会出现小疙瘩，但是过敏性荨麻疹出现的小疙瘩摸起来比较硬，而且反复出现，手、足、脸部还可能出现水肿。
过敏性荨麻疹主要由花粉、蚊虫叮咬、鱼虾等一些食物诱发，一般一两周后即会痊愈。患水痘后，孩子全身都会出红色斑丘疹、疱疹，但一两天后皮肤会结痂。部分手足口病患者，口腔内会出疹并且溃疡。
因此一些患了疱疹性口炎的小患者也被家长误当做患了手足口病。疱疹性口炎是单纯由疱疹病毒引起的，同样易发于6个月～5岁的小孩，但这种疾病只在口腔内出疹，其他部位没有。
另外，汗疱疹这种皮肤病也表现为出疹，细菌、手足出汗等都可引起，它主要表现为米粒大小的水疱，而且会有瘙痒感。
判断有标准 家长勿恐慌
手足口病的一些症状与部分疾病类似，医生提醒家长认清两者之间的区别，切勿恐慌。
手足口病起病急，早期主要表现为发热，发热度数不高，在38℃左右，一些患儿伴有手、足、口腔、肛周疱疹或溃疡，但是不会感觉到疼痒，也不会结痂。
手足口病是自限性疾病，大部分情况下，孩子在一周左右时间就会自愈，只有部分孩子病情进展快，出现急性呼吸窘迫综合征、中枢神经系统异常、心力衰竭等多器官功能损伤，可能会在数小时内死亡。
如果是孩子得病了，家长朋友们千万不要过分担心，应该根据宝贝的症状，而做出判断。一些能知道的病情，轻微的病情，不要因为一点点小问题，而就去医院。
是药就有三分毒，长期的服用药物，身体也会产生抵抗，以免药物到时候对您孩子没有用，更让小孩，经常去医院。
