先天性免疫低下
先天性免疫低下的治疗，需要根据病情采用不同的措施，一般治疗较困难，治疗也是长久的，目前对于某些先天性免疫低下也有了行之有效的方法。由于先天性免疫低下多由基因突变引起，因此具有遗传性。
后天继发性免疫低下
后天继发性免疫低下的关键是要去除引起免疫低下的原因。许多病毒或细菌感染都可以损害免疫系统，极端的例子是艾滋病。只要能有效清除感染病灶，免疫功能大多会逐步恢复。
治疗疾病的药物种类繁多，其中许多可能影响免疫系统的功能，所以更改或停用引起免疫低下的药物是关键。
营养不良在我们国家的孩子中仍存在(有些可能是患有慢性病引起的)，营养不良不仅会影响到孩子的身体发育、智力发育，同样也会影响到免疫系统的发育和成熟，引起免疫低下。当然许多情况下，孩子可能由于偏食而造成某类单一营养素的缺乏，如缺乏维生素A、维生素D等等，也会对免疫系统造成影响。
其他许多疾病也可能影响到免疫系统，如先天性心脏病患儿，由于血液供应出现异常，可能引起消化道和呼吸道局部的免疫低下，成为反复呼吸道和消化道感染的原因之一。当心脏畸形校正后，反复感染的情况就会明显改善。
不管是先天性免疫低下还是后天继发性免疫低下都需要系统的治疗。许多怀疑为免疫低下的孩子往往都是生理性免疫低下，对于这类孩子，正确的认识和处理十分重要。
生理性免疫低下
生理性免疫低下的表现一般没有上述两种免疫低下严重。感染主要是上呼吸道，如感冒等，而不是肺炎、脑膜炎、败血症等严重感染。
此外很多孩子往往表现为初入托儿所、幼儿园、学校后容易感冒。这是因为孩子在集体生活中接触各种细菌、病毒的机会和种类增多。如同有的孩子到了一个新环境后，可能发生心理变化一样，这需要一个适应过程，一般要一年左右。
生理性的免疫低下是每个人在成长过程中都必须经历的，是正常现象。因为从婴儿一出生开始，身体的免疫系统就象身体其他系统一样，同样经历着发育成熟的过程。与成人相比，孩子更容易感冒，这就是因为孩子存在生理性免疫低下。
人类的免疫系统发育成熟与神经系统的发育成熟有许多类似的地方。孩子在不断“试错”的过程中，智力才能得到锻炼，事实上，没有一个孩子从不犯错。免疫系统也是一样，通过不断与外界物质的接触，免疫系统也会得到锻炼，才会正常发育成熟。当然，免疫系统正常的成熟过程每个人可能有区别，而且受到各种身体状况的影响。因此，有少数孩子免疫低下表现更突出、持续的时间更长，并且得病较重和较频繁，表现接近病态的免疫低下。这种情况需要一定的医疗指导和适当的治疗。
现在，市场上有很多保健类药物或食品，自称可以提高儿童的免疫力。这应该说是个好现象，因为说明全社会都普遍关注孩子的问题。但其中不少产品也可能对家长产生误导。
许多保健品对可以提高免疫力的描述有言过其词之嫌，缺少严格的科学验证，效果是十分有限的。此外，正如我们前面所述，免疫低下有不同的类型，不同的类型中每个人受影响的环节也各不相同。在不清楚免疫低下类型的前提下，盲目使用提高免疫力的药物或保健品一来起不到效果，另外还可能造成不良的后果，诸如破坏免疫平衡、引起身体其他异常改变等。事实上，绝大部分生理性免疫低下的儿童并不需要特殊的治疗。只要通过加强和平衡孩子的营养、增进体格锻炼，孩子身体的免疫状况都会得到明显改善，能很快适应环境。对于一些免疫低下表现较重的孩子，家长的首要任务是在免疫专科医生那里明确孩子免疫低下的类型，如果不存在先天性或后天继发性免疫低下，也可以使用一些药物治疗，但必须在医生的指导下进行。
