本病需与下列几个疾病进行鉴别诊断
(1)胸膜间皮瘤
因早期表现及X线检查结果有相似之处，故可能误诊为结核性脓胸，误诊的原因有以下几点：①具有典型的结核中毒症状,抗结核治疗曾有效，②患侧胸廓萎陷,肋间隙变窄，③肺CT未见胸膜凹凸不平，④胸腔内为黄色渗液，⑤无明显消瘦及痰中带血，具有下述几种情况应想到有胸膜间皮瘤可能: a. 持续较重胸痛; b. 难以控制的胸水,特别是血性胸水; c. 胸腔积液经抗结核，抗炎治疗无明显好转; d. 胸膜增厚且凹凸不平，必要时做CT及病理检查以协助诊断,减少误诊，
(2)肺囊肿
是一种先天性发育异常形成的肺实质囊性病变，分为液囊肿，气囊肿和液气囊肿，囊肿较小时可无症状或症状轻微，若巨大液性囊肿有时尚难与脓胸等鉴别，结核性脓胸是一种特殊菌感染,其临床表现不象化脓性感染症状明显,因此易延误诊断，误诊原因可能有以下几点: (1)对于年老患者，就医前又无肺结核，结核性胸膜炎及急性结核性脓胸的临床症状的; (2) MRI 显示病变肺囊肿表现相似(3) 近年来随着抗结核药物治疗学的进步及结核菌株变异,部分结核病的临床表现已不典型,临床上重视不够，故两者需进行鉴别诊断，
(3)恶性胸腔积液
老年结核性脓胸和肺癌胸膜转移的临床表现缺乏特异性,两者均可有发热，胸闷气急，咳嗽，胸液呈渗出液，由于老年人肺脏及胸膜老化,壁层胸膜对胸液的重吸收缓慢 ,部分患者就诊于非专科医院,造成病情迁延不愈而误诊为恶性胸腔积液，为避免对老年结核性脓胸的误诊,必须提高对本病的认识和警惕，临床上凡遇发热，长期不明原因胸腔积液而又诊断不明,胸液性质为渗出液，常见抗结核及胸穿抽液困难的患者,均应考虑本病,及时进行电视胸腔镜检查或手术探查，