1、遗传因素 占习惯性流产的6%
一般来说，导致习惯性流产的遗传因素是指基因异常，原因在于夫妻两人可能带有异常基因，但只是携带者，没有症状显现，精卵结合后，异常基因的存在就可能导致胚胎异常而致流产。
治疗：异常基因无法根除，但是精卵结合仍有机会为正常基因，可尝试怀孕，等妊娠较大月份后再行基因诊断。想为人父母者，如果发生不明原因的自然流产，就应做相应的检查了解双方是否带有异常基因。
2、感染 占习惯性流产的1%
多由细菌、病毒等感染而导致流产。
3、子宫解剖结构异常 占习惯性流产的1%
女性的子宫构造存在先天或后天的异常常会导致习惯性流产的发生，可以做以下检查确认：
Step1医师会为患者做子宫镜检查，检查子宫内膜是否长了息肉，是否有双子宫、单角子宫、子宫中隔等因素而导致容易流产。
Step2还可利用子宫输卵管造影，确认是否因长肌瘤形成压迫而导致流产。
4、内分泌异常 占习惯性流产的1%
做子宫内膜切片检查可以确认流产是否为母体内分泌异常所导致。如果是黄体激素不足引起，孕后可补充定量的黄体酮以维持胚胎的稳定性。就好像我们播种时如果泥土太少，便不可能种植成功，换句话说，当黄体激素生成不足导致子宫内膜太薄时，着床就不稳定，胚胎就容易流掉。
治疗：黄体功能不全如有黄体功能不全，黄体激素生成不足，可致胚胎流产，及时补充激素后可起到保胎作用。
其他内分泌异常：孕妇如有甲状腺机能亢进或不足、没有控制好的TNB、泌乳激素水平太高等情况，都有可能导致习惯性流产的发生。应当在原发性疾病治愈后或控制良好后再考虑妊娠。
5、免疫系统异常 占习惯性流产的78%
免疫系统异常在习惯性流产中占很高的比例，其分类有两种：一种是患者本身有自体免疫疾病;另一种是母体连续对胚胎产生排斥(同种免疫流产)。
自体免疫疾病流产：患者有红斑性狼疮、多发性内分泌系统异常等，流产率会增高。
同种免疫流产：指母体对胚胎排斥所产生的习惯性流产。
6、 不明原因 占习惯性流产的25%
除了上述5种原因以外，还有很多流产的原因尚未被医学界发现。
1.解剖结构异常以外科手术治疗。
2.内分泌异常以激素治疗。
3.基因异常无特殊治疗方法。
4.免疫系统异常导致的流产可分自体、同种免疫流产。自体抗体，如狼疮抗体、抗磷脂抗体，这两个抗体一般抽血就可以检查出来了，而类固醇可以抑制免疫反应产生。同种免疫的治疗方法是将男方白细胞培养液分数次皮下注射到母体，使其产生免疫耐受。
积极诊治，增加健康孕产的几率
习惯性流产的发生几率并不高，目前在妇产科医师的诊断和治疗下，很多有此情况的女性都已经生下了健康的宝宝。