一旦在孕妇宫颈检出衣原体，应及时用药。红霉素O.5g，每6小时一次口服，连用7日，或0.25g，每6小时一次连用14日，对宫颈衣原体转阴效果显著，也是预防新生儿衣原体感染的有效手段。
对有衣原体感染危险的新生儿，至少应住院一周，证明有无衣原体感染。若诊断为衣原体结膜炎，可用1%硝酸银液滴眼，效果虽佳，但不能预防衣原体肺炎的发生。口服红霉素：50mg/kg，分4次口服，连用14日，能够预防衣原体肺炎的发生。
妊娠衣原体治疗
孕期生殖道感染解脲支原体(UU)、沙眼衣原体(CT)安全有效的治疗方法。方法把96例感染UU和或CT的孕妇随机分为治疗组和对照组各48例。治疗组给予阿奇霉素片口服和阴道局部应用罗红霉素片联合治疗;对照组仅给予阿奇霉素口服治疗。结果治疗组治愈率为91.67%，对照组治愈率70.83%，两组比较差异显著(P〈0.05)。外阴痒，白带增多及泌尿系感染等临床症状的消失率，治疗组明显高于对照组(P〈0.05)。且治疗组治疗期间胃肠道反应显著轻于对照组，无一例复发，无一例流产、早产，胎膜早破，出生婴儿均健康。结论阿奇霉素口服与罗红霉素阴道局部应用联合治疗妊娠合并衣原体支原体感染安全有效，副反应少，孕妇易于接受。
女性衣原体感染对怀孕的影响主要为以下几点
1、假如是孕早期衣原体感染，有可能引起胎儿畸形。
2、衣原体感染的女性怀孕后也有可能危害到胎儿及新生儿，导致流产及新生儿肺炎等。
3、衣原体阳性在女性生殖道最常见的侵犯部位是子宫颈，由此而上蔓延可引起子宫内膜炎(Endometritis)、输卵管炎、盆腔炎(盆腔腹膜炎)，也可引起急性尿道炎和前庭大腺炎。
4、怀孕期间假如有衣原体感染，分娩时胎儿经过产道可引起新生儿眼炎和肺炎。这使得他们的性器官对病原体的抵抗力下降，他们就比正凡人更轻易出现支原体和衣原体感染。