多年来由于术语使用的混乱，在尿路感染的领域里误解颇多。不少临床医生常常将有尿频、尿痛的病人轻易诊断为“膀胱炎”， 如果患者同时伴有腰痛，则往往被认为感染已波及肾脏而诊断为“肾盂炎”或“肾盂肾炎”。这种只根据临床表现作出的判断是很不可靠的，事实上这些病人被证实有菌尿的还不到50%。因此，对有些尿路症状的病人首先应明确膀胱尿是否有细菌，只有在被证实为有意义的菌尿(significant bacteriuria) 时，才能诊断为尿路感染。
对发病不久、膀胱刺激症状明显而无全身不适、感染局限于下尿路的患者，可诊断为膀胱炎;对伴有高热等全身症状和剧烈腰痛的患者，可以认为感染已波及上尿路而诊断为肾盂肾炎。其他病人，如未经过特殊检查确定感染部位，则以“尿路感染”这一诊断较为合适。
以往还常常将慢性尿路感染和“慢性肾盂肾炎”混淆，认为反复或持续发作的尿路感染即为“肾盂肾炎”它将导致肾脏的进行性破坏。近来，经过许多病例的长期随访，认为成年病人在X线检查无异常发现时，虽然菌尿反复发作可带来不少痛苦，但对肾脏除暂时影响浓缩功能外，并不会造成排泄功能的障碍。
所谓“慢性”或“萎缩性肾盂肾炎”是指肾脏萎缩、皮质瘢痕化、肾盏呈杆状改变并有肾功能进行性障碍的病例，这些大多是幼年开始发病，反复感染而且合并有膀胱输尿管返流的患者。在感染和返流的协同作用下，可造成肾脏的进行性破坏。其中更有一部分病人，即使在菌尿被控制以后，由于血管损害、免疫反应或其他不明的原因，肾脏的病变还可以继续进行。
当尿路系统存在解剖、功能异常(如梗阻、结石等)或有肾外伴发病(如糖尿病、滥用含有非那西汀的止痛药物、镰形细胞病等)时，反复或持续发作的尿路感染将严重损害肾功能并可危及生命。这种情况，常称为“复杂性尿路感染”。