任何细菌侵入尿路均有可能引起尿路感染，以大肠杆菌最为常见，约占60%～80%，其次为副大肠杆菌、变形杆菌、克雷白杆菌、产气杆菌、产碱杆菌、粪链球菌、葡萄球菌或绿脓杆菌。偶尔还可由真菌、病毒、寄生虫等致病。
上述尿感的致病菌，主要来自肠道平时就有的致病菌，或平素寄生在肠道内的条件致病菌。
感染的一般规律是，首次尿路感染，无症状的细菌尿，其致病菌常为大肠杆菌。而在住院期间得的尿路感染，有尿路梗阻者、用过多种抗菌药物者、经导尿或膀胱镜等器械检查者，多为粪链球菌、变形杆菌、克雷白菌等感染。
绿脓杆菌尿感尤常见于器械检查后，变形杆菌则多见于泌尿系结石，金黄色葡萄球菌常为血源性感染。近年来发现，血浆凝固酶阴性的金葡菌尿路感染，在生育期妇女多见，其发生多与性生活有关。