1.有心室流出道梗阻的患者因具有特征性临床表现，诊断并不困难。超声心动图检查是极为重要的无创性诊断方法，无论对梗阻性与非梗阻性的患者都有帮助，室间隔厚度≥18mm并有二尖瓣收缩期前移，足以区分梗阻性与非梗阻性病例。心导管检查显示左心室流出道压力差可以确立诊断。心室造影对诊断也有价值。临床上在胸骨下段左缘有收缩期杂音应考虑本病，用生理动作或药物作用影响血流动力学而观察杂音改变有助于诊断。此外，还须作以下鉴别诊断。
(一)心室间隔缺损收缩期杂音部位相近，但为全收缩期，心尖区多无杂音，超声心动图、心导管检查及心血管造影可以区别。
(二)主动脉瓣狭窄症状和杂音性质相似，但杂音部位较高，并常有主动脉瓣区收缩期喷射音，第二音减弱，还可能有舒张早期杂音。X线示升主动脉扩张。生理动作或药物作用对杂音影响不大。左心导管检查显示收缩期压力差存在于主动脉瓣前后。超声心动图可以明确病变部位。
(三)风湿性二尖瓣关闭不全杂音相似，但多为全收缩期，血管收缩药或下蹲使杂音加强，常伴有心房颤动，左心房较大，超声心动图不显示室间隔缺损。
(四)冠心病心绞痛、心电图上ST-T改变与异常Q波为二者共有，但冠心病无特征性杂音，主动脉多增宽或有钙化，高血压及高血脂多;超声心动图上室间隔不增厚，但可能有节段性室壁运动异常。
2.继发性心室肥厚
(1)先天性主动脉缩窄及主动脉瓣狭窄的继发性心室肥厚：本病应与先天性主动脉缩窄及主动脉瓣狭窄的继发性心室肥厚鉴别。前者上肢动脉搏动强，血压高，而下肢动脉搏动减弱或消失，血压测不到。后者具有典型的主动脉瓣区收缩期喷射性杂音和收缩期咔哒音，主动脉区第2音减弱。X线胸片可见升主动脉段有狭窄后扩张。超声心动图检查示主动脉瓣开口小。左心导管检查测压，主动脉瓣狭窄者左室与主动脉之间有明显的收缩压阶差，而HCM收缩压阶差见于左室流出道之间。婴儿HCM尚需与下列心室肥厚的疾病鉴别：
(2)糖尿病母亲分娩的婴儿：有心室肥厚及低血糖，多数于生后数月内自行缓解。
(3)Pompe病：心室肥厚，并发心力衰竭，患儿舌大，肌力低下，心电图P-R间期缩短，QRS波高电压，骨骼肌活检可确证。
(4)Noonan综合征：先天性肺动脉瓣狭窄，伴有特殊面容及智力低下。
3.与无害性杂音鉴别 无症状者尚应与无害性杂音相鉴别。
4.原发性心内膜弹力纤维增生症 婴儿HCM多出现心力衰竭，应与原发性心内膜弹力纤维增生症区别，后者左室明显扩大，收缩功能障碍，无心室肥厚。
5.肥厚型心肌病应与哪些疾病相鉴别
成年人如有原因不明的左心室肥厚(一般大于15mm)，通常便足以诊断肥厚型心肌病。肥厚型心肌病可合并弗里德赖希共济失调、豹皮综合征、嗜铬细胞瘤、多发性神经纤维瘤等。上述疾病多数存在其他临床特征而容易作出鉴别。心肌淀粉样变性及糖原沉积病在二维UCG虽可见心肌肥厚，但在心电图上其电压幅度较低或正常。高血压患者约50%可有左心室肥厚，多为向心性肥厚。若高血压患者的最大室壁厚度超过20 mm，应考虑为肥厚型心肌病。
(1)高血压性心脏病：高血压性心脏病可有左室肥厚，类似于肥厚型心肌病，但具有长期高血压病史、左房扩大等特点。
(2)运动员心脏：运动员的训练会导致心肌重量的轻度增加，其心室生理性肥厚较严重。极少数运动员的室壁厚度会大于13mm，但不会超过16mm，女性运动员则不会超过14mm。
(3)冠心病：冠心病未发生心梗前心脏不大，可出现与肥厚型心肌病相似的症状及心电图改变，左室也可见非对称性肥厚。异常Q波、ST—T改变和心绞痛应与肥厚型心肌病相鉴别，冠脉造影可证实。
(4)主动脉瓣狭窄：主动脉瓣狭窄有左室扩张及肥厚，心电图示左室肥厚伴劳损，应与肥厚型心肌病相鉴别。
(5)还应与先天性主动脉缩窄、先天性室间隔缺损、动脉导管未闭、二尖瓣关闭不全、心室假腱索等相鉴别。