1.一般血液检查
主要是筛查可引起心肌肥厚的代谢性疾病，如检查空腹血糖、血中肉碱、乳酸盐、丙酮酸、氨基酸浓度等;检查尿中氨基酸、有机酸等成分及其含量。
2.X线检查示 心脏正常或轻度增大，约1/4病人心脏大小正常，1/2病人心影稍增大，1/4心脏呈中度至重度增大，以左室为主，左房也可扩大。大多数增大的心影系左心室肥厚和(或)左心房增大的结果。可能会出现肺静脉淤血，但明显的肺水肿较少见。
3.核素检查 肥厚型心肌病患者核素心室造影时，可见到左心室腔变小放射性浓度降低，围绕左心血池可见一圈放射性空白区，为肥厚心肌的壁影。因本病多为不对称性室间隔增厚，故可见增厚的室间隔突出心腔，二尖瓣前移，流出道狭窄，放射性浓度减低。肥厚型心肌病病人的左心室收缩功能呈高动力状态，且在收缩早期教变更为明显，左心室射血分数(LVEF)、左心室前1/3射血分数(1/3EF)及高峰充盈时间正常或增高，但病变心肌顺应性降低致使射血时间延长。随着病情进展，少数病人可出现左心室收缩功能受损的表现，由高动力型转变为低动力型，出现左心室射血分数及峰充盈下降。肥厚型心肌病病人均有舒张期充盈障碍，顺应性降低，表现为高峰充盈时间明显延长，峰充盈明显降低。
4心电图检查 可显示左室肥厚、ST段下降、T波倒置、左房肥大、异常Q波、QT间期延长。少数出现预激综合征或其他室内传导阻滞图形。婴儿患者常有右室肥厚，可能反映右室流出道梗阻。动态心电图监测可见室性期前收缩，室性及室上性心动过速，窦性心动过缓及房室传导阻滞。少数患儿心电图正常，但大多数患儿心电图明显异常：
(1)左心室肥大。
(2)异常Q波(30%～50%)：深、窄而持久不变，多见于Ⅰ，Ⅱ，Ⅲ，aVF，aVL或V4，V5导联。病理性Q波的形成，一方面与肥厚室间隔除极的初始向量向前上方运行有关，造成Ⅱ，Ⅲ，avF为异常Q波，右胸导联为高窄R波;另一方面与心肌纤维化、变性及排列紊乱致电动力下降或消失有关，使室间隔向右前除极向量加入，造成左胸导联出现异常Q波。
(3)ST-T改变：可见以V3，V4为中心的巨大T波倒置。IHSS患儿胸导联多数无深的倒置T波，甚至浅的倒置T波也很少见。
(4)心律失常：常见的有预激综合征、完全性房室传导阻滞、束支传导阻滞和快速室性心律失常等，亦可见窦房结病变、室上性心动过速等。由糖原贮积病(Pompe病)造成的HCM，其心电图有典型的三联征：短P-R间期、QRS波群异常高大和广泛的T波倒置。心率变异性(HRV)检查无助于对HCM高危猝死患者的检测;而QTc离散度测定显示HCM患者QTc离散度明显增高，且梗阻型QTc离散度显著高于非梗阻型，QTc离散度与室间隔肥厚程度显著正相关。QTc离散度是HCM伴室性心律失常及猝死的预报因子。
5.超声心动图 超声心动图检查对诊断HCM较有意义，是HCM的确诊手段。正常婴幼儿室间隔厚度≤4mm，学龄前儿童≤5mm，年长儿≤7mm，左室后壁与室间隔厚度相等。多普勒超声心动图检查可监测到下列改变：
(1)室间隔：室间隔非对称性肥厚，活动度差，心腔变小，左室收缩期内径缩小，室间隔与左室后壁厚度之比(IVS/LVPW)为1.3～1.5。心室壁增厚可侵犯不同部位：前间隔占10%～15%，前间隔和后间隔占20%～35%，单纯室间隔后部、心尖部或前侧壁约占20%，前侧壁及室间隔占50%。
(2)左室流出道梗阻及压力阶差：左室流出道狭窄，主动脉和左心室流出道压力阶差可达9.3kPa(70mmHg)以上。
(3)SAM现象：二尖瓣前叶收缩期前向移动(systolic anterior motion of the anterior mitral leaflet，SAM)现象，与肥厚的室间隔相接触。SAM现象始于收缩期前1/3末，在收缩期中1/3时与室间隔接触，形成左室流出道狭窄。舒张期二尖瓣前叶与室间隔距离较正常者小。SAM现象可能与心肌缺血或心肌梗死、微小血管病变、心肌氧供需失衡、室壁活动障碍和心肌大片变性纤维化有关。
(4)主动脉瓣：主动脉瓣收缩期扑动，在收缩期提前关闭，呈半闭锁状态，等容舒张期时间延长，部分患儿可有主动脉瓣反流。
(5)心功能改变：左心室射血分数下降;心室舒张功能障碍，可见心室舒张早期血流E峰加速时间延长，舒张早期E峰减低，E峰减速度DEF显著减低，舒张晚期A峰代偿性增高。
(6)LVEF下降，心功能改变以舒张功能障碍为主。
6.心导管 用超声心动图检查诊断HCM已可取代心导管检查。考虑手术治疗时应做心导管检查和心血管造影，测定血流动力学参数、压力阶差、心室肥厚部位及程度、心腔变形、流出道狭窄及瓣膜反流等情况。少数婴儿HCM需做心肌活检，以除外Pompe病(Ⅱ型糖原贮积病)，但后者骨骼肌活检可确定，而且安全。左室腔与左室流出道收缩期压差>2.67kPa(20mmHg)，左室舒张末压增高。左心室造影示心腔缩小变形，主动脉瓣下呈“S”形狭窄，心室壁增厚，室间隔不规则增厚突入心腔，左房也可同时显影。心尖部HCM左心室造影可显示“黑桃样”改变。右室肥厚型HCM需行右室造影。
7.胸部X线检查 X线检查无特异性，肺血正常或轻度肺淤血，心脏大小正常或轻度左室增大。婴儿患者多心脏扩大，并有肺纹理增多，肺淤血现象。
8.磁共振成像 能提供更详细的形态学资料，可检测整体收缩正常的HCM患者区域性的左室不同步运动，对于分析由左室充盈指标产生的模糊结果更有价值。 6.放射性核素检查 可见左室舒张功能指标包括左室舒张末容量、峰值射血率、峰值充盈率、高峰充盈时间及舒张末期前1/3的充盈分数等异常。
9.心内膜心肌活检 考虑手术治疗时应做心导管检查和心血管造影，测定血流动力学参数、压力阶差、心室肥厚部位及程度、心腔变形、流出道狭窄及瓣膜反流等情况，少数婴儿HCM需做心肌活检，以除外Pompe病(Ⅱ型糖原贮积病)，但后者骨骼肌活检可确定，而且安全。肥厚心肌纤维排列紊乱，心肌细胞异常巨大，核周常有“光环”围绕，线粒体增生变性。组织化学测定有严重糖原堆积，免疫化学测定显示肥厚心肌内儿茶酚胺含量增高，具有诊断意义。
10.遗传学检查 进行家族史调查，并明确基因突变，并协助判断预后及指导治疗。