传统的几种手术方式Swenson、Duhamel和Soave及其各种改良术式受到挑战，而腹腔镜辅助下的直肠内结肠拖出术和单纯经肛门直肠内拖出术日益受到广大小儿外科医生的接纳和采用。此手术不但对患儿创伤小，切口美观，而且有切除痉挛段黏膜彻底，吻合口低且能同时处理肛门内括约肌病变等优点。
手术的关键技术如下
①在齿状线水平环周切开直肠黏膜，缝8-10根牵引线牵引直肠黏膜以便于辨认解剖层次。
②在黏膜下层向上游离直肠黏膜时，特别对于年长儿，可采用电凝分离该层次，以减少出血。
③当游离黏膜至10-15cm后，可见肌鞘套叠翻出，表明已达到腹膜返折以上水平，环周切断肌鞘，并于后正中切除1cm宽的肌鞘。
④牵拉直肠，可显示直肠和乙状结肠系膜血管，然后一一予以结扎，直达乙状结肠近端的正常肠管水平，并将其与肛周皮肤相吻合。
采用单纯经肛门直肠内拖出术一般适用于短段型和痉挛段位于直肠和乙状结肠的患儿(占75%左右)，对于长段型巨结肠，需借助腹腔镜。腹腔镜辅助手术的优点是：松解直肠和结肠系膜容易，可行多处肠壁活检，确定无神经节细胞段准确等优点。