抗子宫内膜抗体的产生有两方面
一方面是因为异位子宫内膜刺激系统;另一方面是机体的免疫系统失常(自身免疫缺陷)。
异位的子宫内膜具有抗原性，可诱导机体产生抗子宫内膜抗体。当抗原抗体结合后，可沉积于子宫内膜和异位的病灶中，通过激活补体，破坏子宫内膜结构。
人工流产刮宫时，胚囊也可能作为抗原刺激机体产生抗体。
当女性子宫内膜有炎症时，也可能转化成抗原或半抗原，刺激机体自身产生相应的抗体。
正常机体具有自身免疫调节功能，产生极弱的自身抗体，帮助清除体内衰老变性的自身成分，一旦由于某种原因导致免疫系统对自身组织产生过度免疫应答，则会发生过强的一系列免疫反应，致使所侵及的组织免疫活性细胞增多，免疫复合物沉积，而导致功能改变。当这种抗子宫内膜抗体由于反复刺激而大量产生达到一定的含量时，可与自身的子宫内膜组织发生抗原抗体结合反应，并激活免疫系统引起损伤性效应，造成子宫内膜组织细胞生化代谢及生理功能的损害，干扰和妨碍精卵结合，受精卵的着床和胚囊的发育而导致不孕或流产。
抗子宫内膜抗体引起的免疫性疫不孕是相对概念，是指免疫使生育力降低，暂时导致不孕。不孕状态能否持续取决于免疫力与生育力间的相互作用，若免疫力强于生育力，则不孕发生，如后者强于前者则妊娠发生。不孕常有多种因素同时存在，免疫因素也可作为不孕的唯一原因或与其他病因并存。