小儿自闭症的发病原因有很多，不同的病因，患儿出现的症状也不一样。而这些病因从父母开始就开始了，如果父母有某些疾病也是引起小儿出现自闭症，而在生产期也是会导致小儿自闭症的出现。在产后如果小儿生了某些特殊疾病或者脑部受到严重损伤，也是会引发小儿自闭症的。
那么导致自闭症的原因主要有哪些呢
1. 遗传的因素：20%的自闭症者中，他的家族可找到有智能不足、语言发展迟滞和类似自闭症的。此外，自闭症男童中约10%有染色体脆弱症。
2. 脑伤：包括在怀孕期间窘迫性流产，生产过程中早产、难产、新生儿脑伤，以及婴儿其因感染脑炎、脑膜炎等疾病造成脑部伤害等因素，都可能增加自闭症机会。
3. 怀孕期间的病毒感染：妇女怀孕期间可能因麻疹或流行性感冒病毒感染，使胎儿的脑部发育受损伤而导致自闭症。
4. 新陈代谢疾病：如苯酮尿症等先天的新陈代谢障碍，造成脑细胞的功能失调和障碍，会影响脑神经讯息传递的功能，而造成自闭症。