治疗上以禁食、维持水电解质和酸碱平衡、供给营养及对症为主。近年来由于广泛应用全静脉营养，加强支持疗法，使本病的预后大大改善。
一、禁食
1.禁食时间
一旦确诊应立即禁食，轻者5～10天，重者10～15天或更长。腹胀明显时给予胃肠减压。
2.恢复进食标准
腹胀消失，大便潜血转阴，腹部X线平片正常，一般状况明显好转。如进食后患儿又出现腹胀、呕吐等症状，则需再次禁食。
3.喂养食品
开始进食时，先试喂5%糖水3～5ml，2～3次后如无呕吐及腹胀，可改喂稀释的乳汁，从每次3～5ml开始，逐渐加量，每次增加1～2ml，以母乳最好，切忌用高渗乳汁。
二、静脉补充液体及维持营养
禁食期间必须静脉补液，维持水电解质及酸碱平衡，供给营养。
1.液量
根据日龄每日总液量为100～150ml/kg。
2.热卡
病初保证每日209.2kJ/kg(5Okcal/kg)，以后逐渐增加至418.4～502.1kJ/kg(100～120kcal/kg)。其中40～50%由碳水化合物提供，45～50%由脂肪提供，10～15%由氨基酸提供。
3.碳水化合物
一般用葡萄糖，每天5～18g/kg，周围静脉输注浓度++、血糖>7.28mmol/L，应减少糖的输入;如血糖多次测定>11.2～16.8mmol/L，应加用胰岛素0.25～0.5u/kg。
4.蛋白质
常用6%小儿氨基酸注射液，开始以每日0.5g/kg，按每日0.25～0.5g/kg递增，最大量为每日2.5g/kg。输注氨基酸的主要目的是在保证热量的前提下，有利于蛋白质的合成，故使用时要求非蛋白质与蛋白质热量之比约10：1，每克氨基酸氮输入时要求热量为628～837kJ。
5.脂肪
常用10% Intralipid，开始每日0.5g/kg，按每日0.25～0.5g/kg递增，最大量每日3g/kg，输注速度为，胎龄33周者每小时不超过3.0ml/kg。
6.电解质
一般每日供给钠3～4mmol/kg，钾2～3mmol/kg，氯2～3mmol/kg，与上述营养物质配成1/4～1/5张液体输入。但应监测血电解质浓度，随时调整。钾的浓度不应大于3‰。如有额外丢失(呕吐、腹泻及胃肠减压)则需提高氯化钠的供给，一般配成1/3张液体输入。如存在酸中毒，可每次给5%碳酸氢钠3～5ml/kg，必要时根据血气检测调整。
7.各种微量元素及维生素
常用安达美(含各种微量元素)每日1ml/kg，水乐维他(含各种水溶性维生素)每日1ml/kg，维他利匹特(含各种脂溶性维生素)每日5ml。
三、抗感染
常用氨苄青霉素及丁胺卡那霉素，也可根据培养药敏选择抗生素。
四、对症治疗
病情严重伴休克者应及时治疗，扩容除用2：1含钠液外，还可用血浆、白蛋白、10%低分子右旋糖酐。血管活性药物可选用多巴胺、酚妥拉明等，并可给氢化可的松每次10～20mg/kg，每6小时1次。缺氧时应面罩吸氧。
五、外科治疗指征
肠穿孔、腹膜炎症状体征明显，腹壁明显红肿或经内科治疗无效者应行手术治疗。