衣原体的感染或呈隐性感染或临床症状非特异，故本病的诊断有赖于实验室检查。
1.显微镜直接检查
黏膜表面拭子或刮片分泌物找包涵体及衣原体原始小体。
2.组织细胞培养分离衣原体
取结合膜标本或支气管肺泡灌洗液作细胞培养分离衣原体，特异性高鵻但条件要求较苛刻且操作繁琐。
3.衣原体抗体
血清或分泌物查衣原体抗体应用最广。
(1)免疫荧光试验健康搜索：微量免疫荧光试验(microimmuno fluorescence testMIF)主要用于沙眼衣原体的诊断与定型健康搜索。
(2)酶联免疫测定法EIA鵻：敏感性80%～90%鵻，特异性>95%
(3)PCR法健康搜索：与传统的组织细胞培养相比敏感性可达90%特异性可达99%
4.血象
嗜酸粒细胞增多>400/mm3。