新生儿肺炎往往表现为鼻塞、咳嗽、发热、精神萎靡、呛奶、不哭、口吐细白泡沫、呼吸浅等表现;口周或肢端可见青紫，其他部位皮肤发灰或苍白;感染严重的患儿可呼吸暂停。
1.血象
外周血白细胞计数和分类计数对判断细菌或病毒有一定价值。细菌感染以上指标大多增高，而病毒感染多数正常。支原体感染者外周血白细胞总数大多正常或偏高，分类以中性粒细胞为主。但在重症金黄色葡萄球菌或革兰阴性杆菌肺炎，白细胞可增高或降低。
2.特异性病原学检查
(1)鼻咽部吸出物或痰标本。
①病毒检测：病毒性肺炎早期、尤其是病程在5天以内者，可采集鼻咽部吸出物或痰(脱落上皮细胞)，进行病毒检测。目前大多通过测定鼻咽部脱落细胞中病毒抗原、DNA或RNA进行早期快速诊断。
②细菌检查：肺炎患儿的细菌学检查则较为困难。由于咽部存在着大量的正常菌群，而下呼吸道标本的取出不可避免地会受到其污染，因而呼吸道分泌物培养结果仅供参考。
从咽拭或消毒导管吸取鼻咽部分泌物做细菌培养及药物敏感试验，可提供早期选用抗生素的依据。
(2)血标本
血和胸水培养阳性率甚低，如同时还有败血症的症状，应做血培养。病程相对较长的患儿则以采集血标本进行血清学检查，测定其血清特异IgM进行早期快速病毒学诊断。病毒分离与急性期/恢复期双份血清抗体测定是诊断病毒感染最可靠的依据，但因费时费力，无法应用于临床。
(3)胸腔积液检查
出现胸腔积液时，可作胸穿，取胸腔积液培养及涂片检查。一般有30%肺炎双球菌肺炎病例可从各种接种培养基找到细菌。
(4)其他
通过纤维支气管镜取材、尤其是保护性毛刷的应用，可使污染率降低至2%以下，有较好的应用前景。
肺穿刺培养是诊断细菌性肺炎的金标准，但患儿和医生均不易接受。最近Vuori Holopainen对肺穿刺进行了综述评价，认为该技术有着其他方法无法比拟的优点，而且引起的气胸常无症状，可自然恢复，在某些机构仍可考虑使用。
3.支原体检测
支原体检测与病毒相似。早期可直接采集咽拭子标本进行支原体抗原或DNA检测，病程长者可通过测定其血清特异IgM进行诊断。
4.非特异性病原学检查
如外周血白细胞计数和分类计数、血白细胞碱性磷酸酶积分、四唑氮蓝试验等，对判断细菌或病毒可能有一定的参考价值。细菌感染以上指标大多增高，而病毒感染多数正常。支原体感染者外周血白细胞总数大多正常或偏高，分类以中性粒细胞为主。血C反应蛋白(CRP)、前降钙素(PCT)、白细胞介素-6 (IL-6)等指标，细菌感染时大多增高，而病毒感染大多正常，但两者之间有较大重叠，鉴别价值不大。如以上指标显著增高，则强烈提示细菌感染。血冷凝集素试验>1∶32对支原体肺炎有辅助诊断价值。
5.血气分析
对肺炎患儿的严重度评价、预后判断及指导治疗具有重要意义。