慢性胰腺炎的发病原因仍未明确。西方以及亚太大多数国家的慢性胰腺炎与嗜酒有关。而在我国，酒精因素逐渐上升为主要因素之一，而胆道疾病的长期存在仍为主要危险因素。
一、胆道系统疾病
中国不同地区多家医院的回顾性研究荟萃分析显示，胆系疾病发病的病史在CP中占33.9%。在各种胆道系统疾病中以胆囊结石最多见，其他依次为：胆管结石、胆囊炎、胆管不明原因狭窄和胆道蛔虫。胆源性胰腺炎是中国与其他国家的不同之处，但其机制尚不清楚，且胆系疾病是否会导致CP也存在分歧。其机制可能与炎症感染或结石引起胆总管开口部或胰胆管交界处狭窄与梗阻，胰液流出受阻，胰管压力升高，导致胰腺腺泡、胰腺小导管破裂，损伤胰腺组织与胰管系统。因此，胆道疾病所致的CP，病变部位主要在胰头部，胰头部增大，纤维化，引起胰腺钙化少见，但合并阻塞性黄疸的较多见。
二、慢性酒精中毒
西方国家70%～80%的CP与长期嗜酒有关(乙醇摄入量40～80g/d，10年以上)。因此乙醇的摄人量及时间与发病率密切相关。中国不同地区多家医院的回顾性研究荟萃分析的结果中35.9%与饮酒相关。关于酒精性CP的发病机制，大多数学者认同蛋白质分泌过多导致梗阻与坏死-纤维化的学说。酒精及其代谢产物直接使胰液中脂质微粒体酶的分泌以及脂肪酶降解增加;并使脂质微粒体酶可以和胰液混合，激活胰蛋白酶原为胰蛋白酶，导致组织损伤。乙醇间接通过刺激胰液的分泌，增加胰腺对缩胆囊素(CCK)刺激的敏感性，胰液中胰酶和蛋白质含量增加，钙离子浓度增加，易形成胰管内蛋白沉淀，这些蛋白沉淀又与其他杂质(如脱落的上皮等)形成栓子阻塞小胰管，使胰管胰液流出受阻，胰管内压力增高，导致胰腺腺泡、胰腺小导管破裂，损伤胰腺组织及胰管系统。
三、其他
1、热带性胰腺炎
见于南美、中非、印度尼西亚等某些热带国家，好发于儿童或青少年，常伴糖尿病和胰钙化，其病因未明。
2、遗传性胰腺炎
遗传性CP占CP总发病率的1%～2%，是较少见的。遗传性CP属于显性遗传性疾病，发病年龄早，一般20岁前发病，胰腺钙化明显。
3、特发性胰腺炎(约占10%～30%)
是指那些病因不明的CP，此型CP常根据发病年龄、病程、胰腺钙化和胰腺内、外分泌功能不全等特点分为早发与迟发型。其中早发型是指发病年龄较早，平均年龄为19岁，病程长，发作时疼痛严重，随着病程发展，出现胰腺钙化和胰腺内、外分泌功能下降。中国特发性CP约占CP总数的20%～30%，但早发型较少。
4、代谢因素
高血钙和高血脂均可导致CP。
5、免疫疾病相关的慢性胰腺炎(CP)
自身免疫病作为慢性胰腺炎的病因之一已逐渐引起人们的注意，系统性红斑狼疮、干燥综合征、原发性胆管炎、原发性胆汁性肝硬化均可并发慢性胰腺炎。