牙菌斑是指粘附在牙齿表面或口腔其他软组织上的微生物群。它是由大量细菌、细胞间物质、少量白细胞、脱落上皮细胞和食物残屑等组成。 当牙菌斑量较少时，肉眼是很难观察到的，通常用菌斑指示剂可以很好地显示。 牙菌斑不能用漱口或用水冲洗的方法把它去除。因此，现在把牙菌斑看成是细菌附着在牙石上的一种复杂的生态结构，其与龋病和牙周病的发生有密切的关系。
牙菌斑主要对牙和牙龈构成危害，也就是口腔最常见的两种疾病：龋病和牙周病。龋病俗称“虫牙”，这里的“虫”指菌斑中的细菌。牙菌斑牢固地附着在牙面上，细菌摄入唾液中的糖，分解糖产酸，这些酸会破坏牙齿，最终成洞。
当牙菌斑靠近牙龈时，细菌产生的毒素和其他有害物质会刺激牙龈(俗称“牙肉”、“牙床”)，产生炎症，即牙龈炎。如果不加控制，任其发展，牙龈炎有可能会发展为不可逆的牙周炎，引起牙槽骨的破坏，最终导致牙齿松动、脱落。
现代资料认为：牙齿的龋坏是从牙菌斑开始的。牙菌斑的形成比较复杂，现在公认的理论有以下三个阶段。
1、获得性膜形成阶段
口腔中的唾液糖蛋白是唾液中的一种物质，每个人的唾液中都 含有这种物质。当它与牙齿接触时，可附着在牙釉质表面，形成膜样物质，这种膜被称为获得性膜。它为口腔细菌初期粘附提供了基质，为牙菌斑的形成创造了条件。有资料证明，龈沟是牙齿最先形成获得性膜的部位。
2、细菌附着阶段
大多数研究者认为，获得性膜对细菌附着具有重要性。观察发现，当牙面获得性膜形成，很快就有细菌附着上去，说明附着速度很快。大量研究资料证实，最先附着在牙面的细菌为血型链球菌和唾液链球菌。细菌在获得性膜的表面生长，并能产酸，使糖蛋白沉积。血型链球菌和变形链球菌能合成葡聚糖，与沉积的糖蛋白一起构成菌斑基质，为牙菌斑的形成创造了基础。
3、菌斑成熟阶段
细菌在获得性膜上生长、发育、繁殖和衰亡，并在其中进行复杂的代谢活动。据有关资料分析，认为成熟的牙菌斑的细菌比例是：兼性厌氧链球菌27%，兼性类白喉杆菌23%，厌氧类白喉杆菌18%，胨链球菌13%，韦永氏菌6%，拟杆菌4%，梭状菌4%，奈瑟氏菌3%，弧菌2%。成熟牙菌斑中致龋性菌为变形链球菌、放射菌、血型链球菌和乳杆菌。