不同的错合畸形有不同的最佳矫治时期，可向专业正畸医师咨询。对可能会影响颌骨发育的错合畸形(如反颌和口腔不良习惯)要进行早期治疗。乳牙反颌一般在患者3-4岁时开始矫治，采用活动矫治器，通常3-6个月就可以矫正过来，但有一些患者在替牙期或恒牙早期会复发，需密切观察。口腔不良习惯如吮下唇、咬指甲、吃大拇指等一经发现需及时采取一些方法阻断。在替牙期，像反颌、下颌后缩、口腔不良习惯等要早期治疗，而不要等到牙齿都换完。
大多数错合畸形可在恒牙初期进行矫治，女孩一般在11-13岁左右，男孩一般在12-15岁左右。此时恒牙列基本建立，颅颌面尚有部分潜力，代谢功能好，牙的移动效果最显著，所以这个时期是正畸矫治的“黄金时期”。
对于严重的骨性错合畸形，则需要等到完全发育成熟后(约在18-20岁)进行正颌手术治疗，才能达到满意的疗效。