幽门螺杆菌依据典型的临床表现见到胃蠕动波、扪及幽门肿块和喷射性呕吐等三项主要征象，诊断即可确定其中最可靠的诊断依据是触及幽门肿块。如未能触及肿块，则可进行实时超声检查或钡餐检查以帮助明确诊断。
(一)超声检查
幽门肥厚的诊断标准：幽门管长径> 16 mm,幽门肌厚度≥ 4 mm, 幽门管直径> 14 mm, 若以上3 个标准未同时达到, 仅有一项或两项达到标准, 则采用超声评分系统[2]评分≥4 时诊断为CHPS, ≤2 时为阴性, =3 分时建议进一步检查。CHPS 的超声图像: 肥厚的幽门环肌呈实质性中等或低回声团块, 轮廓清晰, 边界清, 幽门管中央黏膜层呈强回声, 幽门管腔呈线状无声。当胃蠕动强烈时可见少量液体通过幽门管有人提出的狭窄指数大于50%作为诊断标准。并可注意观察幽门管的开闭和食物通过情况，有人发现少数病例幽门管开放正常：称为非梗阻性幽门肥厚随访观察肿块逐渐消失。
(二)钡餐检查
诊断的主要依据是幽门管腔增长(>1cm)和狭细(<0.2cm)胃肠透视表现为幽门前区呈“鸟嘴样”突出, 幽门管细长呈“线样征”。胃窦及胃腔扩大, 胃内充满内容物之光点及液性暗区回声, 可见胃蠕动现象并增强, 有时可见逆蠕动波, 胃排空延迟等征象。有人随访复查幽门肌切开术后的病例这种征象尚见持续数天，以后幽门管逐渐变短而宽，也许不能回复至正常状态在检查后须经胃管吸出钡剂，并用温盐水洗胃，以免呕吐而发生吸入性肺炎。
(三)腹部检查
腹部检查时要置于舒适的体位可躺在母亲的膝上，腹部充分暴露，在明亮的光线下喂糖水时进行观察，可见到胃型及蠕动波，其波形出现于左肋缘下缓慢地越过上腹部，呈1～2个波浪前进，最后消失于脐上的右侧检查者位于婴儿左侧，手法必须温柔，左手置于右肋缘下腹直肌外缘处以食指和无名指按压腹直肌，用中指指端轻轻向深部按摸，可触到橄榄形光滑质硬的幽门肿块，1～2cm大小。在呕吐之后胃空虚且腹肌暂时松弛时易于扪及偶尔肝脏的尾叶或右肾被误为幽门肿块。但在腹肌不松弛或胃扩张时可能扪不到，则可置胃管排空后喂给糖水边吸吮边检查，要耐心反复检查，据经验多数病例均可扪到肿块。
(四)实验室检查
实验室检查可发现临床上有失水的婴儿均有不同程度的低氯性碱中毒，血液Pco2升高，pH值升高和血清低氯且必须认识到代谢性碱中毒时常伴有低钾的现象，其机理尚不清楚。小量的钾随胃液丢失外在硷中毒时钾离子向细胞内移动，引起细胞内高钾，而细胞外低钾肾远曲小管上皮细胞排钾增多，从而血钾降低。
幽门螺杆菌症状出现于生后3～6周时亦有更早的，极少数发生在4个月之后。呕吐是主要症状最初仅是回奶，接着为喷射性呕吐。开始时偶有呕吐随着梗阻加重，几乎每次喂奶后都要呕吐，呕吐物为粘液或乳汁在胃内潴留时间较长则吐出凝乳，不含胆汁。由于营养不良脱水，婴儿明显消瘦，皮肤松弛有皱纹皮下脂肪减少，精神抑郁呈苦恼面容。