十二指肠溃疡较胃溃病为多见，约为4∶1。二者又具有很多共同点：病因和发病机制上均为胃酸和胃蛋白酶的“自身消化”作为直接因素，病理形态学上二者相似;在少数病人当中二者还可同时出现，即复合性溃疡。二者也存在诸多差异，如发病年龄不同，胃溃疡好发于40～60岁，而十二指肠溃疡好发于青少年，胃溃疡的平均发病年龄较十二指肠溃疡约推迟10年，十二指溃疡的起病与精神神经因素关系相对比较密切，“O”型血型者，唾液中无血型抗原者、肝硬化、甲旁亢患者也易患十二指肠溃疡，而药物如阿司匹林、皮质类固醇激素、酒精等所引起的多是胃溃疡;发病机制上，十二指肠溃疡的胃酸和基础胃酸分泌量均高于正常，而胃溃疡患者胃酸分泌量和正常人相似，甚至低于正常人;胃溃疡有恶变的可能，而十二指肠溃疡几无恶变，临床表现上二者也不尽相同，十二指肠溃疡多为饥饿痛和夜间痛，而胃溃疡多为餐后痛，外科手术治疗上，十二指肠溃疡对迷走神经切断术效果远较胃溃疡为好。因此有人认为二者是不同的疾病。
胃溃疡的诊断必须与胃及胃外许多疾病相鉴别。
1.功能性消化不良
通常有消化不良综合征，如反酸、嗳气、恶心、上腹饱胀不适，但胃镜和钡餐检查多无阳性发现，属功能性。
2.慢性胃、十二指肠炎
有慢性无规律性上腹痛，胃镜可鉴别，多示慢性胃窦炎和十二指肠球炎但无溃疡。
3.胃泌素瘤
亦称卓-艾综合征，是胰腺δ细胞分泌大量胃泌素所致。诊断要点是：①BAO>15mmol/h，BAO/MAO>0.6;②X线检查示非典型位置溃疡，特别是多发性溃疡;③难治性溃疡，易复发;④伴腹泻;⑤血清胃泌素增高>200pg/ml(常>500pg/ml)。
4.胃溃疡恶变或胃癌
最重要的鉴别诊断方法是胃镜加活检和钡餐检查，胃镜检查时需作活检，明确良恶性。对于胃溃疡需行胃镜检查加活检连续追踪观察。
5.胃黏膜脱垂症
间歇性上腹痛，制酸剂不能缓解，而改变体位如左侧卧位可能缓解。胃镜、钡餐可以鉴别。X线钡餐检查可显示十二指肠球部有“香蕈状”或“降落伞状”缺损阴影。
6.其他
另外并发大出血时还需与门脉高压症所致的食管胃底静脉破裂出血相鉴别。并发穿孔时还应与各种常见急腹症相鉴别，如胰腺炎、阑尾炎、胆道疾患、肠梗阻等等。