排卵障碍的治疗方案应根据患者年龄、病程、血红蛋白水平、随诊条件等因素全面考虑。总的原则：出血阶段应迅速、有效地止血和纠正贫血。止血后应尽可能明确病因，并进行针对性治疗，选择合适方案控制月经周期或诱导排卵，预防复发及远期并发症。
一、无排卵型功能失调性子宫出血
药物治疗是一线治疗方法。青春期和育龄期患者以止血、调整周期、促排卵为主进行治疗。绝经过渡期患者以止血、调整周期、减少经量、防止子宫内膜病变为治疗原则。
1、止血
(1)雌孕激素联合用药：出血量不多时，可于月经第1天口服复发低剂量避孕药共21天，停药7天，共28天为一周期;急性大出血，病情稳定时，可用复方口服避孕药，止血后每3天递减1/3量至每日维持量，共21天停药。
(2)雌激素：适用于青春期急性大量出血，止血后每3天递减1/3量至每日维持量，也可用苯甲酸雌二醇，出血停止后3天开始减量，通常每3天以1/3量递减，从血止日期算起第21天停药。
(3)孕激素：黄体酮每日肌内注射，用药5天;地屈孕酮，用药10天;安宫黄体酮：用药10天。
2、调整月经周期
(1)人工周期：补佳乐，于出血第5日期，每晚一次，连服21天，至服药第11日，每日加用黄体酮注射液肌内注射，两药同时用完，停药3-7日出血，于出血第5天重复用药，联系使用3个周期。
(2)雌、孕激素联合法：于止血周期撤退性出血第5日起用复方口服避孕药，连服21天后撤退出血，连续3个周期为1个疗程。
(3)后半周期疗法：于止血后第15～16天服用甲羟孕酮，连服10天。3个周期为一个疗程。
3、促进排卵
(1)氯米芬：于出血第5日起，连续5天，若排卵失败，可重复用药。
(2)绒促性素：与其他促排卵药联用，B超检测卵泡发育接近成熟时，肌内注射以诱发排卵。
二、因排卵障碍导致的闭经
1、人工周期疗法，用法同前。
2、单纯孕激素治疗，用法同后半周期疗法。
三、因排卵障碍导致的不孕
1、WHOI型排卵障碍：病变在下丘脑，应脉冲式给予GnRH诱导排卵;病变在垂体：应给予含有LH的促性腺激素诱导排卵。
2、WHOII型排卵障碍：氯米芬促排卵，用法同前;二甲双胍口服;卵巢打孔。
3、其他原因引起的排卵障碍：专科治疗基础疾病，如高催乳素血症、甲状腺疾病、肾上腺疾病，扔无排卵，可用促排卵药物诱导排卵。