肾结核早期，因病变仅局限于肾实质外层，可能无任何临床症状，仅在查尿时出现微量蛋白和少数白细胞，并可查出结核杆菌。当发展到肾实质内层时，除出现低热、盗汗、消瘦、贫血等结核中毒症状外，还可出现下列症状：
1、膀胱刺激症状
如尿频、尿急、尿痛等，可在78%左右的患者中出现，是因膀胱内含有脓液和结核杆菌的尿对膀胱的刺激、结核性溃疡及膀胱广泛纤维挛缩、容量缩小所致。小便次数一天可达几十次甚至无法计数，或者尿滴涓涓流出呈失禁现象。
2、血尿
多为显微镜下血尿，少数为肉眼血尿。一般是“终末血尿”，是因膀胱三角区的结核性溃疡在膀胱收缩时出血所致。有时亦可出现全程血尿。
3、脓尿
因肾结核的干酪样坏死物质脱落到肾盂，从尿中排出所致。轻者仅在显微镜下可见脓细胞，重者尿液浑浊如米汤样。
4、腰痛
轻度腰部酸痛或叩击痛。
5、晚期肾结核可出现恶心
呕吐、食欲不振、贫血、水肿等慢性尿毒症症状。