(一)、遗传因素 尿道下裂发病有较明显的家族倾向。有报道尿道下裂患者中染色体畸变率明显高于正常人群。还有人认为性别分化相关基因突变如雄激素受体基因(AR)和性别决定基因(SRY)突变和尿道下裂的关系密切。
(二)、环境因素 有研究发现在妊娠早期用过孕酮保胎药物或其它药物等及冬天受孕的胎儿中尿道下裂的发生率较高。
(三)、激素因素 胎睾中产生的激素影响男性外生殖器的形成，其形成约在胚胎第14周完成。而这个发育过程是需要双氢睾酮的刺激来完成的。双氢睾酮是由胎儿睾丸分泌的睾酮在5α-还原酶的作用下转化而来。因此，在胎儿阴茎形成过程中，凡是睾酮产生不足，过迟或睾酮转化为双氢睾酮的过程中出现异常均可导致生殖器畸形。