生殖器疱疹潜伏期2-10日，平均为6日。发病部位男性为包皮、龟头、冠状沟、阴茎。偶可见于尿道、前列腺和精囊，同性恋者可发生于肛门、直肠;女性则为外阴、大小阴唇、阴蒂、阴道、宫颈，也可发生于肛门、直肠及尿道。原发性感染的症状往往比较严重，水疱出现前接种部位常先有灼热、瘙痒或感觉异常，女性白带增多，随之局部出现淡红色斑或丘疹，在此基础上迅速出现芝麻至绿豆大群集性紧张水疱，疱液开始较清，逐渐可变成混浊甚至程脓性。疱壁较薄，易破溃形成溃疡面较大，自觉疼痛，触动后更明显。
复发性生殖器疱疹的临床表现：常发生于原发性生殖器疱疹后1-3个月内。由HSV-2感染引起者复发率较高，发作的频率也较高。第1次感染后1年内约60%的患者复发，第1年的发作次数为4-6次，有些多达10次以上。复发性生殖器疱疹的症状，比原发性生殖器疱疹轻。复发性生殖器疱疹可合并骶骨神经根病：表现为臀部或股部疼痛或感觉异常、尿潴留、阴茎不能勃起等。其它合并症还有直肠炎、前列腺炎、尿道炎综合征等。妇女发生宫颈癌的危险性比一般妇女大5-10倍。
