生殖器疱疹是是有1型或2型单纯疱疹病毒引起的。典型的生殖器疱疹，不难诊断。若临床表现不明显、不典型就需要借助实验室检查，其中包括细胞学检查、病毒分离和鉴定、血清学方法和抗原检测法。生殖器疱疹常用实验室检查方法分述如下：
一、细胞学检查：挑取泡液或从疱底溃疡面刮取少量皮损进行涂片，通过Wright-Giemsa染色或Papanicolaou染色，寻找大的多核巨细胞和多核巨细胞核内嗜酸包涵体。但此方法不能区别HSV感染或水痘-带状疱疹病毒感染等相关疱疹病毒类疾病，只有在急性期水疱出现时才可能得出阳性结果。一般作为初筛试验。
二、免疫细胞化学检查：通常用皮损细胞涂片，经特殊处理后在荧光显微镜下观察检测抗原，生殖器疱疹病毒感染细胞可见亮绿色荧光。
三、病毒分离：通常用棉拭子从发病1-3天内的水疱底部取得标本，用人胚成纤维细胞、人羊膜细胞、肾细胞等进行病毒分离培养、再通过免疫荧光法鉴定、加以确认。其分离成功的前提是取材的准确和尽快接种，由于其操作复杂，费用昂贵，技术条件要求高，目前尚不能普遍使用。
四、抗体检测法：HSV抗体检测不能作为生殖器疱疹诊断的依据。但情况下，如判断是否曾经感染过HSV;症状不典型的感染者;评估生殖器疱疹患者配偶所生新生儿的感染风险以及单纯疱疹预防接种时可能得到的成功率。这时应用酶联免疫吸附试验(ELISA)检测血清中HSV-1和HSV-2 IgM/IgG抗体。
五、基因检测法：用PCR荧光定量法检测皮损的HSV-Ⅱ-DNA。能直接检测出生殖器溃疡性疾病患者损害部位的HSV-2病原体，敏感性和特异性高，大大提高生殖器溃疡病人中HSV确诊的能力。其费用较昂贵，且操作技术、实验室条件和设备的要求也较高。
这些方法对实验室诊断的实验条件及技术都要求很高，只有设备条件好的实验室才可进行。那些情况下选择什么检测方法，得出结论如何解释一定要听取专业医师的意见。