由于本病患者在潜伏期后期，症状出现前已大量排毒，即具有传染性，难以及时发现并采取隔离措施，而至今尚无主动或被动免疫制剂供预防，因此戊型肝炎的预防策略是以切断传播途径为主的综合性预防措施。
大多数戊型肝炎的流行系经水传播，保证饮水安全，广泛宣传喝开水，不喝生水，改善环境卫生与个人卫生等，大力进行卫生宣教，管理好水源、粪便、食品和病人，积极开展爱国卫生运动，尤其应该重视集体单位及幼托机构，预防流行和减少发病例数。
现有丙种球蛋白不能预防本病。HEV的基因重组疫苗尚在研制中，用HEV基因多肽，含ORF3HEV cDNA片段，插入真核表达质粒(pSVL)，构建HEV cDNA疫苗，接种实验小鼠，该鼠血清可测得抗HEV阳性，为HEV基因疫苗的研制提供了可行性。主要是保护水源、加强食品卫生管理、注意个人卫生和改善环境卫生。人丙种球蛋白对本病无明显预防作用。基因重组疫苗和核酸疫苗正在研究之中。