慢性肾盂肾炎的发生可由于患者在儿童时期有过急性尿路感染，经治疗后症状消失，但仍有无症状菌尿而诱发，还可由于急性肾盂肾炎治愈后，经尿道器械检查后激发感染。诊断慢性肾盂肾炎时应与下尿路感染、肾结核、慢性肾小球肾炎等疾病相鉴别。
应与慢性肾盂肾炎相鉴别的疾病
1.下尿路感染：下尿路感染好发于中年女性，患者以尿频、尿急、尿痛、排尿不适为主要表现，尿中白细胞亦可增多，常被误诊为不典型慢性肾盂肾炎而长期盲目应用抗菌药物治疗，甚至造成不良后果，必须予以鉴别。
2.肾结核：肾结核患者多有肾外结核病史或病灶存在，肉眼血尿多见，膀胱刺激症状显著而持久，往往有结核中毒症状。可通过作静脉肾盂造影，如发现肾实质虫蚀样破坏性缺损则可诊断为肾结石。
3.慢性肾小球肾炎：慢性肾小球肾炎患者在无明显水肿、蛋白尿、高血压时，其临床表现与全身感染症状和尿路刺激症状不明显的不典型慢性肾盂肾炎相似，尤其当慢性肾小球肾炎患者并发尿路感染或晚期两者均出现慢性肾功能减退时，鉴别更难。