急性肾盂明炎通常会有典型的症状，例如表现为尿液异常，易于被发现，诊断不难。如仅有高热而尿路症状不明显者，应与各种发热疾病相鉴别。腹痛、腰痛明显者要与胆囊炎、阑尾炎、盆腔炎、肾周脓肿等鉴别，经多次小便检查后即能明确诊断。
慢性肾盂肾炎的泌尿道症状不明显，尿常规无明显改变或尿液异常间歇出现，易被误诊。在女性，凡有不明热、腰酸、乏力、轻度泌尿道症状者无应考虑本病的可能性。须反复检查尿常规及培养及寻找证据，伴高血压的慢性肾盂肾炎需与高血压病鉴别。此外，尚需与下列诸病鉴别。
鉴别诊断：
如仅有高热而尿路症状不明显者，应与各种发热疾病相鉴别，腹痛，腰痛明显者要与胆囊炎，阑尾炎，盆腔炎，肾周脓肿等鉴别，一般经多次小便检查后即能明确诊断，慢性肾盂肾炎的泌尿道症状不明显，尿常规无明显改变或尿液异常间歇出现，易被误诊，在女性，凡有不明热，腰酸，乏力，轻度泌尿道症状者无应考虑本病的可能性，须反复检查尿常规及培养及寻找证据，伴高血压的慢性肾盂肾炎需与高血压病鉴别，此外，尚需与下列诸病鉴别。
肾结核：泌道生殖道结核常同时伴发，它是最常见的肺外结核，多系血行性感染，急性期有发热(低热)，盗汗乏力，腰痛，尿频，尿急，尿痛，血尿等症状，约20%病例可无临床表现，又称寂静型尿感，数年后肾实质破坏，结核的肉芽肿，干酪样变先累及髓质，乳头区，继而乳头坏死，肾盂肾盏变形，皮质变薄，偶可累及肾周围组织，后期肾功能受损，膀胱挛缩，肺部X线检查，前列腺，副睾，盆腔结核的检出有助于此病的诊断，尿液检查有血尿(镜下血尿或肉眼血尿)，脓尿，阳性皮肤试验(PPD)，尿结核培养，检出率高达90%以上，而静脉肾盂造影仅能发现较晚期的病例，近年来多聚酶联反应(PCR)法检测尿结核杆菌的脱氧核糖核酸已广泛应用于诊断中，其特异性，阳性率高达95%。
慢性肾小球肾炎：如有浮肿，大量蛋白尿则鉴别不难，肾盂肾炎的尿蛋白量一般在1～2g/d以下，若大于3g则多属肾小球病变，但本病与隐匿性肾炎较难鉴别，后者尿常规中有较多红细胞，而肾盂肾炎则以白细胞为主，此外，尿培养，长期观察患者有无低热，尿频等症状亦有助鉴别，晚期肾炎继发泌尿道感染，鉴别困难，此时可详细病史，结合临床特点加以分析。
前列腺炎：50岁以上的男性因有前列腺增生，肥大，放置导尿道管，膀胱镜检等易得此病，急性前列腺炎除畏寒发热，血白细胞总数升高外，腰骶和会阴部疼痛，以致从立不安，尿频，尿痛，尿液检查有脓细胞，与急性膀胱炎易相混淆，慢性前列腺炎除尿检异常外临床症状多不明显，前列腺按摩得到的前列腺液检查，白细胞数>10个/HP，B超前腺有助于鉴别诊断。