逆行射精的治疗分手术治疗和药物治疗两大类。
手术治疗的适应证为过去曾有膀胱颈手术史者，可作膀胱颈Y-V成型术，这要在疾病得到确诊之后进行，一般县级以上的医院都可以做。
药物治疗的主要适应证是有交感神经功能障碍者，可用肾上腺素药物治疗，也可根据具体情况使用抗胆碱能药物，这些药物均需在大夫的指导下服用，以免发生不应有的副作用。
因慢性感染导致的逆行射精，可用抗生素类如氟哌酸、甲硝唑等药。服用西药效果不佳时，可辨证选用中药治疗。中医药的优势在于整体治疗和因证施治，一般可选用麻黄、连翘、赤小豆、泽泻、瞿麦、车前子、赤芍等，对改善症状、缓解病情均有一定的积极作用。
对于糖尿病患者，应积极治疗原发病，病愈后逆行射精就会自然得到改善。对于高血压病患者，则可更换其它药品或其它疗法降低血压，尽可能避免使用有影响的药物。患有慢性膀胱炎、慢性尿道炎、慢性精阜炎者，则不宜过食辛辣食物，不宜过多饮酒，应养成讲究个人卫生和多饮水的良好习惯。凡是急于要求生育的夫妇，只要丈夫的精液没有实质性的病变，可以利用收集精液的办法进行人工授精。