一、子宫解剖结构异常占习惯性流产因素的1%
当子宫解剖检查结果异常时，医师会做子宫镜检查，检查子宫内膜是否长了息肉，或有双子宫、单角子宫、子宫中隔等因素而导致容易流产。
另外还可利用子宫输卵管造影，确认是否已经长了一些肌瘤形成压迫。
此外也可检测出有无纵隔等子宫腔(胎儿住的房子)形态异常。
治疗：对有习惯性流产的女性来说，子宫构造可能存在先天或后天异常。
先天因素：可因不同的异常情形进行子宫整形手术，轻微畸形可不予治疗。
后天因素：常见的有子宫肌瘤、子宫颈机能不全与子宫腔粘黏等。
子宫肌瘤：可进行摘除手术。
子宫颈机能不全：患者常会出现无预警的流产、早产，应该在妊娠14周~16周，做子宫颈环扎手术和进行安胎治疗。
子宫腔粘黏：最常见的是因曾经做过多次人工流产等宫腔手术，李卓主任指出，此时可利用子宫镜去除粘连，并给予雌激素治疗。
二、遗传因素占习惯性流产因素的6%
一般来说，导致习惯性流产的遗传因素是指基因异常，起因在于夫妻可能带有异常基因，平时只是携带者时不会表现，但是怀孕后，精卵结合，异常基因的存在可能导致胚胎异常而致流产。
治疗异常基因无法根除，但是精卵结合仍有机会为正常基因，可尝试怀孕，妊娠大月份后再行基因诊断。李卓主任表示，想为人父母者，如有习惯性流产，就应了解双方是否带有异常基因。
三、内分泌异常占习惯性流产因素的1%
内分泌异常时，可以做子宫内膜切片检查以确诊。如确诊，孕后可补充定量的黄体素以维持胚胎的稳定性。李卓主任比喻，子宫内膜如果太薄，就好像当我们播种时泥土太少，便不可能种植成功。换句话说，当内膜太薄时，着床只要不稳定，胚胎就容易流掉，这也是黄体素不足会影响胚胎着床的重要原因。
治疗黄体功能不全李卓主任表示，如有黄体功能不全，黄体激素生成不足，可致胚胎流产，及时补充激素后可起到保胎作用。
其他内分泌异常孕妇有甲状腺机能亢进或不足、没有控制好的糖尿病、泌乳激素太高，都有可能导致习惯性流产。李卓主任建议，应当等原发疾病进行治疗后再考虑妊娠。如果在怀孕初期有不正常的出血，就需要特别留意。
四、免疫系统异常占习惯性流产因素的78%
免疫系统异常在习惯性流产因素中占很高的比例，其分类有两种：一种是患者本身有自体免疫疾病;另一种是母体连续对胚胎产生排斥感(同种免疫流产)。
自体免疫疾病流产患者有红斑性狼疮、多发性内分泌系统异常等，流产率会增高。
同种免疫流产指对胚胎排斥所产生的习惯性流产。
治疗自体免疫不正常所造成的习惯性流产，可以使用低剂量的阿斯匹林或类固醇进行治疗。
类固醇可抑制自体免疫反应，不过，母体在怀孕之后，仍然需要服用，以免孕期免疫性疾病加重。