习惯性流产的原因大多数为遗传因素、感染、子宫发育异常、内分泌失调、免疫系统异常等。
卵巢囊肿和子宫肌瘤导致习惯性流产：这两种疾病在肿瘤还很小的时候，感觉不到任何不舒服，因此一般不知有此病。可是有孕以后，它就会跟着变大，从而妨碍子宫的增大，这便引起流产了。
其次，慢性阑尾炎造成习惯性流产：阑尾炎一般又叫做盲肠炎，如果没有在发炎时及时施手术割除，从而就会转入慢性，在没有医好的时候，及时受孕的话，是会使旧病再发，从而导致流产的。所以最好是在还未受孕之前，接受手术治疗习惯性流产。
另外，子宫颈裂伤引起习惯性流产：在难产时采用钳子分娩，或是坠胎手术以后，子宫口会留下裂伤。如果放任不理，再次受孕的时候，便会把胎儿从裂伤处漏出来，从而流产，对于这样的习惯性流产治疗的方法能够用手术缝补子宫口而防止再流产的。