引起习惯性流产的病因很复杂，临床上竟有43种疾病最终可导致习惯性流产的发生，有免疫性因素、遗传性因素、感染性因素、内分泌性因素、解剖因素等，而其中免疫性因素导致的流产占习惯性流产的67%之多，解剖因素占14%、 内分泌因素11%、遗传因素占5%、其它因素占3%。其病因如下：
一、免疫因素：
免疫因素是指在怀孕早期母体和胎儿处于一种同种异体的状态，正常情况下由于胎儿和母体之间的胎盘屏障现象，就可以继续妊娠，不会发生排斥。如果免疫有一些因素不正常了，母体产生抗体后就可以造成免疫排斥。
胎盘屏障有两个概念，一个是起物理的分割作用，另一个是化学的分割作用。实际上母体和胎儿之间在血型以及组织配型上一样的几乎很少见，之所以能够顺利生产出来就是因为这个屏障的完好，这个屏障被破坏以后，免疫排斥反应就一定会发生。
二、感染和内分泌因素：
感染引起的流产往往是偶然一次的，不会是习惯性的，这是一个流产因素，往往并不是习惯性流产常见的因素。内分泌因素是一个习惯性流产的因素，临床医生或者是经历过保胎治疗的患者大部分都是用内分泌的方法进行的保胎(注射黄体酮等)。这一类病因在临床上并不常见。内分泌因素引起的疾病大概有以下几种，包括子宫内膜异位症，可以引起卵巢功能改变。还有多囊卵巢综合症，也引起排卵后的黄体功能不足。还有全身内分泌因素，包括糖尿病、甲状腺低功，甚至有一些肿瘤疾病导致内分泌紊乱。当然内分泌紊乱后母体环境就不适合胎儿生长了。
三、母婴血型不合：
母婴血型不合是引起习惯性流产的一种原因。母儿血型不合，主要有ABO型和Rh型两大类。一旦妊娠，夫妻产前应做血型检查。如果丈夫为A型、B型或AB型，孕妇为O型，就有ABO血型不合的可能。如果丈夫是Rh阳性，孕妇是Rh阴性，就有Rh血型不合的可能。分娩可使妈妈对胎儿的血液产生抗体。初次怀孕对胎儿影响不大，分娩次数越多，胎儿、新生儿发病的可能性越大，因此，常在第二胎以后发病。此类血型不合的病情重，可常见流产、死产、严重的新生儿溶血性黄疸等。
四、遗传因素和母体患其他疾病：
根据习惯性流产发生的时间，可以把流产分为早期习惯性流产和晚期流产。早期习惯性流产一般发生在妊娠12周以前，多和遗传因素、母体内分泌失调等有关。晚期习惯性流产多发生在妊娠12周以后，和子宫畸形、宫颈发育不良及准妈妈患其他疾病等因素有关。