卵巢早衰的确切病因，目前尚不十分清楚，但是与下列因素有关联
①遗传因素：X染色体缺失或畸变可导致已形成的卵泡萎缩退化。
②免疫因素：卵巢早衰常并发甲状腺炎、系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎。此时，患者外周血中有抗卵巢抗体，抗体与卵巢中相应细胞结合后会损伤卵泡而致使卵巢功能衰竭。
③医源性因素：40岁以前，切除双侧或一侧卵巢，可造成卵巢组织缺如或减少，以及放疗、化疗均可损伤卵巢，最终导致卵巢早衰。过去认为切除一侧卵巢后，对侧卵巢可以维持正常的内分泌功能。近年的研究发现，切除一侧卵巢后，卵巢分泌的性激素水平下降，骨质疏松及更年期症状出现的机会较其他女性增加。3.反复多次的人工流产，容易诱发卵巢早衰。
④感染：儿童期病毒性腮腺炎可能引起早期严重的卵巢损害;严重的感染如输卵管、卵巢脓肿，可破坏卵巢组织，导致卵巢早衰。
⑤垂体功能异常：促性腺激素过度刺激，可加速卵泡闭锁，使卵泡消耗过多。
⑥特发性卵巢早衰：一种无明确致病因素的继发性过早闭经，染色体核型为46XX，通常测不到自身免疫抗体，为卵巢早衰的最常见类型，多在育龄期发病，出现渐进性或进行性月经稀少，然后闭经并伴有潮热、烦躁、内外生殖器逐渐呈现萎缩状态。