“胃镜和活组织检查”是诊断慢性胃炎的主要方法。浅表性胃炎常以胃窦部最为明显，多为弥漫性胃粘膜表面粘液增多，有灰白色或黄白色渗出物，病变处粘膜红白相间或花斑状，似麻疹样改变，有时有糜烂。萎缩性胃炎的粘膜多呈苍白或灰白色，亦可呈红白相间，白区凹陷;皱襞变细或平坦，由于粘膜变薄可透见呈紫兰色粘膜下血管;病变可弥漫或主要在胃窦部，如伴有增生性改变者，粘膜表面颗粒状或结节状。
活检标本应时作病理学及幽门螺旋杆菌检测，可先置一标本于含酚红的尿素液中作尿素酶试验阳性者于30-60分钟内试液变成粉红色，另一标本置特殊的培养液中，在微氧环境下培养，再一标本制作成切片，以HE或Warthin-Starry或Gieemsa染色。切片上可见在粘膜层中有成堆形态微弯的杆菌，呈鱼贯状排列。