肝癌的病因，经过许多研究，虽有一定认识，但其原因迄今尚未明了，目前研究认为致病因素：
1、肝硬化 肝细胞肝癌的患者约80%合并有肝炎肝硬化，而且多数病人是大结节性肝硬化，这可能由于肝细胞变性坏死、间质结缔组织增生、纤维间隔形成、残留肝细胞结节性再生，形成小叶，在反复增生过程中肝细胞可发生变异最终导致癌变。
2、病毒性肝炎 乙型肝炎与肝癌的关系较为密切，HbsAg阳性的病人，肝癌发生率明显高于HbsAg阴性病，丙型肝炎与肝癌的发生也有密切的关系。
3、含有黄曲霉素的食物被摄取后，经消化道吸收，到达肝脏，引起肝细胞变性坏死，继而增生癌变。
4、化学致癌物现已明确的有硝酸盐和亚硝酸盐等。
5、机体的免疫状态肝癌的发生一般和抗体的免疫功能低下有关，尤其是和细胞免疫功能低下有着密切的关系。