先心病的治疗费用与患儿的病情轻重、年龄和手术中使用的材料有关。患儿年龄小、病情复杂，为保障手术安全，需使用的材料如人工肺、超滤器等要求较高，目前选用进口材料较为合适;同时，术中、后治疗难度大，因此，治疗费用相对较高;而年龄大、病情轻而不使用进口手术材料者，费用相对较低。因此，不同情况，治疗费用不同。因此，选择治疗医院，不能单纯对比治疗费用高低，而应根据专业水平高低，手术安全性，治疗效果和治疗成功率综合选择。
随着介入技术,特别是心脏外科微创介入技术的发展，一些常见先心病可通过介入技术得到有效治疗，介入治疗有创伤少、不需输血，恢复快、美观的优点。目前对介入治疗效果较好、技术成熟的先心病包括动脉导管未闭、房间隔缺损、肺动脉瓣狭窄、某些部位的室间隔缺损。但每一种方法都有其适应症和优缺点，应根据利弊大小而选择。
先心病尤其是一些严重复杂畸形经常发生肺炎、心功能不全、生长发育迟缓等并发症，临床上经常遇到的是将心功能不全误作肺炎进行长期治疗，或试图增加营养等手段改善体质后在进行手术治疗。但由于许多病情是由于心脏本身病变所致，不从根本上治愈先心病，这些病状是不能得到改善的，反而延误治疗。在心血管内外科医生共同研究后制定治疗方案是最佳方法，必要时需急诊进行手术方能挽救患儿生命。