肾盂肾炎是常见的泌尿系统感染性疾病，若诊断或治疗不恰当及有可能发生败血症、肾脓肿及肾周脓肿、急性肾衰竭等并发症，发生以上并发症时应积极检查并治疗，以免产生严重后果。
1、败血症
疑诊为败血症时应作血、尿培养以确定病原体，按药物敏感试验选用抗菌药物。血源性败血症引起的急性肾盂肾炎，多数由金黄色葡萄球菌所致，首选苯唑西林或萘夫西林，必要时加庆大霉素(5日～7日)，也可单用万古霉素。如属肾源性败血症多由大肠杆菌属所致，首选阿莫西林、阿洛西林、头孢曲松、头孢噻肟、头孢哌酮，或两类药物合用;必要时加用氨基糖苷类抗生素短期使用。一般用药2周，症状完全消失后改半量再用1周。
肾盂肾炎的并发症要预防
2、肾脓肿及肾周脓肿
肾盂肾炎患者易并发肾脓肿及肾周脓肿，脓肿较大者应切开引流，已形成脓肾者应作肾截除。抗菌药物选用与败血症相同，至脓肿消失后再用药1周。
3、急性肾衰竭
肾盂肾炎患者常并发急性肾衰竭，如血源性肾盂肾炎所致急性肾衰竭，常伴有败血症，可发生血容量不足性休克，内毒素性休克;肾源性肾盂肾炎也可形成尿路败血症，同样可导致休克，发生急性缺血性肾衰竭，后者约半数伴有尿路梗阻，也可发生梗阻性急性肾衰竭。急性肾衰竭的防治原则为：补充有效血容量，保持体液平衡;纠正电解质紊乱;纠正酸碱失衡;积极控制感染;全静脉营养及氨基酸疗法;血液净化治疗。