尽量去除一切与本病发生有关的诱因，如广谱抗生素、糖皮质激素、免疫抑制剂等，积极治疗潜在疾病，同时积极抗念珠菌治疗。
1、局部治疗：
(1)口腔念珠菌病：口含制霉菌素片，每次0.25-0.5g，每日2-3次;
(2)皮肤念珠菌病：可外用1%联苯苄唑乳膏等，伴红痱的丘疹形念珠菌病尚可外搽含制霉菌素的硫磺炉甘石洗剂，每日4一6次。间擦疹可加用扑粉。
(3)念珠菌性阴道炎：制霉菌素栓剂(每个5万一10万U)， 每晚一次，连用1一2周。
2、全身治疗：
主要适用于系统性念珠菌病=感染，或部分严重、顽固的皮肤粘膜念珠菌病。 (1)制霉菌素：每日200万～400万U，分4次口服，儿童5万～10万U/kg·d。该药在肠内极少吸收，主要用于消化道念珠菌病。
(2)酮康唑：0.2g，每日一次。疗程视感染类型和患者的反应而定。肝功能异常者慎用。
(3)伊曲康唑： 200mg，每日一次，连用4周以上。
(4)两性霉素B：0.5～1mg/kg·d，静脉点滴，合并口服5-氟尿嘧啶(150一200mg/kg·d)，可有一定协同作用，以提高疗效。
另外还可选用氟康唑、咪康唑等，免疫缺陷患者可同时使用转移因子、IFN等。近来发现本病患者常伴铁缺乏，可同时予血清乳铁素等治疗以增强疗效。