小儿外科有很多常见疾病，其中一些疾病是儿童特有的，须尽早治疗。而小儿疾病的治疗方法不是成人的复制，与成人不同。
目前，小儿外科常见疾病主要有以下几种：
一是小儿肠套叠。所谓“肠套叠”，就是一段肠管套入相连接的另一段肠管内，这是一种小儿特有的疾病，其中8个月左右的小儿发病较多，两三岁的也有。其发病原因比较复杂，但大多数小儿是因肠炎、消化道畸形、肠系膜淋巴结炎等引起的。
二是小儿腹股沟斜疝。是因腹股沟管鞘状突未能及时闭合，肠管等腹腔内器官，即可沿开放的鞘状突逐渐向外疝出，而形成腹股沟斜疝，这是腹股沟斜疝发病最常见的先天性原因，也是小儿腹股沟斜疝最多见的原因。这些病例常在出生后或生后不久就出现典型的症状。
三是先天性巨结肠。这是一种常见的消化道畸形。胚胎发育期由于病毒感染、代谢紊乱、胎儿局部血运障碍等作用下，造成肠壁神经细胞减少或发育停顿，或神经细胞变性，致使远端无神经细胞的肠段呈痉挛、狭窄状，形成功能性肠梗阻。
四是小儿先天性畸形。脐肠瘘、脐尿管病、无肛等。这类疾病是胎儿发育过程中的多种因素导致的，在小儿外科疾病中占有一定的比例。
此外，小儿外科还有一些疑难重症，如胆总管囊肿、腹腔内肿瘤等等。