尿道下裂的诱因有很多种，但一般最常见的常见的有以下几点：
1.基因突变 发现尿道下裂患者，可存在雄激素受体基因性别决定基因5α-还原酶基因，抗苗勒管激素基因CYP21B基因的突变。
2.环境因素 有研究发现在妊娠早期，用过黄体酮保胎的新生儿中，尿道下裂的发生率较高，同时有研究表明，尿道下裂患者的雌二醇和雌酮的水平增加，这些研究提示，雌性激素有拮抗雄激素作用。
3.发育不正常 胚胎发育过程中，阴茎腹侧尿生殖沟的发育，与融合受垂体与雄激素的影响，如果雄激素缺乏，尿生殖沟两侧皱褶的融合发生障碍，致使尿道腹侧壁缺损，尿道开口于阴茎腹侧，正常尿道口后方形成尿道下裂。
4.染色体异常 在尿道下裂患者中的染色体畸变率，较正常人群有明显增高，其中包括有常染色体畸变，及性染色体畸变。