80%～90%由肠道杆菌致病。在首发的原发性尿感病例中，最常见的是大肠杆菌，其次为变形杆菌、克雷白杆菌及副大肠杆菌等。少数为粪链球菌和金黄色葡萄球菌等，偶由病毒、支原体或真菌引起。人急性肾盂肾炎的儿童分离出的大肠杆菌90%以上是P伞状菌株，且认为P伞(P-fimbriae)的粘着性是微生物上行的原因。治疗不彻底或伴尿路结构异常者，细菌易产生耐药性，可致反复感染，迁延不愈，转为慢性。有时由于抗生素的作用，细菌产生变变异，细胞膜破裂，不能保持原有状态，但在肾脏髓质高渗环境中仍可继续生存，如停药过早，细菌恢复原状仍可致病。且此菌在一般培养基中不生长，只在高渗性、有营养的培养基才生长，故对慢性肾盂肾炎经治疗临床症状不见好转，而尿培养反复阴性者，应同时作高渗培养，明确病原。