慢性前列腺炎根据病史、症状、直肠指诊、前列腺液检查等一般诊断并不困难，但对症状复杂、体征不典型者应与下列疾病相鉴别。
1.前列腺痛
这些患者表现为持续的尿频、尿痛、排尿困难，会阴、下腹、腰骶等部位疼痛不适，久坐、骑车后加重。直肠指诊检查两侧肛提肌压痛明显，前列腺触诊正常而无压痛。以往此症被称为梨状肌肛提肌症候群，前列腺液镜检正常，细菌培养无生长。
2.前列腺脓肿
大多数为急性细菌性前列腺炎的并发症，多发生在50～60岁，半数病人有急性尿潴留，尿频，排尿困难，直肠不适，尿道流脓，有的伴有附睾炎。直肠指诊前列腺病侧增大，触之软，有波动感。偶尔前列腺脓肿可自然向尿道破溃，也可向直肠破溃，被误认为直肠周围脓肿。
3.前列腺结石
指发生在前列腺腺泡内和腺管内的结石。与前列腺慢性炎症，前列腺液潴留，腺管狭窄，代谢紊乱等因素有关。无机盐如草酸钙、磷酸钙、磷酸镁等沉积在前列腺腺泡内的淀粉样体，上皮细胞和炎性渗出物上形成结石，患者可表现有慢性前列腺炎的各类症状，但直肠指诊检查可扪及前列腺有结石摩擦感，骨盆X线在耻骨联合区一侧有阳性结石影，超声波检查可在前列腺结石部位出现强光带，并有声影。
4.前列腺结核
症状与慢性前列腺炎相似，但常有泌尿系结核或其他部位结核病灶的病史，直肠指诊检查前列腺呈不规则结节状，附睾肿大变硬，输精管有串珠状硬结，前列腺液结核杆菌直接涂片或PCR检测有结核菌。
5.前列腺癌
晚期可出现尿频、尿痛、排尿困难等症状，但患者常有消瘦、乏力、贫血、食欲不振等明显全身症状，直肠指诊前列腺有坚硬如石的肿块，表面高低不平，血清前列腺特异抗原及前列腺酸性磷酸酶增高。前列腺穿刺活检可发现癌细胞，超声波检查可见腺体增大，边界回声不整齐或有缺损，内部光点不均匀，癌肿部位有较亮光点或光团。CT检查可见前列腺形态不对称，若肿瘤向包膜外浸润，可见精囊和膀胱后壁的组织间隙消失。CT可确定前列腺癌的浸润程度。