病因和病理机制尚不明确，可能和以下原因有关。
1、遗传因素
口吃患者家族发病率可达36%～55%，故有人认为与遗传因素有关，可能为单基因遗传。有人发现的孩子口吃是有家族遗传史，主要外因是学习语言的环境不佳，如父母口吃，或父母口语快、含混，儿童不易模仿等。也有人发现口吃患者及亲属中左利手多见，认为口吃与大脑优势侧有关。
2、精神因素
儿童口吃往往发生在急性或迁延性精神创伤之后，因而不少学说认为精神因素可能为口吃的重要发病原因。有的儿童因为受到家长、老师或周围一些人的严厉惩罚或训斥，使精神突然受到严重打击，由于这种恐惧的情绪或惊吓引起了口吃.。精神紧张、焦虑等也会导致口吃现象。
3、躯体因素
先天的发育不良也引起口吃。较多儿童围产期或婴幼儿期曾受到有害因素作用，如胎儿期母体患妊娠毒血症、出血或躯体性疾病，或发育过程中患某些传染病使神经系统功能弱化，言语功能受累而致口吃。
4、外界因素
强行纠正左撇子也会造成口吃。
5、方言性口吃
儿童学语期间改变方言，或兼学两种以上不同方言，可致口吃。
6、思维过速性口吃
因思路宽阔迅速，致使口齿追随不及，造成口吃。临床亦较常见。
7、其它因素
有的学龄前儿童罹患口吃是因模仿所致。有资料则根据脑电图、发音肌肌电图和氟哌啶醇临床疗效。推断口吃可能与边缘系统和网状结构复合体活动增强、发音肌功能不协调、和基底节存在生化障碍等因素有关，但尚待临床进一步论证。